医学转录组测序

全面解析mRNA信息

同时获得样本的转录本结构和转录丰度信息

探究疾病相关基因结构变异

挖掘差异表达基因分析致病机制

专业项目方案设计 深度解析数据

从选材到后续研究内容相关信息的挖掘,整个流程严谨进行,全程跟踪。

  • 实验设计

  • RNA提取

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 售后答疑

样本要求

1

百迈客云,个性化分析全面升级!

可视化操作、交互性基因深度挖掘,关注哪里“”哪里。

【基本操作】基因功能、基因名称、序列和ID的检索、关键基因功能及通路分析、WGCNA分析等基因功能挖掘。

【个性化挖掘】个性化差异分析方案,个性化图表优化、共表达趋势分析、基因结构分析。

4

个性化分析8小时云交付,项目进展透明化,尽享极致体验!

实时追踪项目进展,一切动向尽在掌握。

意见直接反馈项目经理,高效解决。

可对在线项目各维度的服务进行评价。

5

项目经验丰富,硕果累累

公司成立八年以来,拥有丰富的医学项目分析经验,累计完成5千多个样品的医学转录调控研究

医学物种涉及人、鼠,样本类型包括常见组织或细胞,以及体液、毛囊等特殊样本

公司拥有 40 余项专利技术和 150 余项软件著作权,根据项目需要选择最佳方案,保障结果精准

50+项目分析人员

深度数据挖掘

丰富的项目分析案例

优化的交互式报告

8年+项目分析经验

专业而热情的售后服务

三个分布式集群服务器

闪电般的分析速度

数据质控

测序错误率受测序仪本身、测序试剂、样品等多个因素共同影响。由于测序过程中化学试剂的消耗,测序错误率会随着测序序列(Sequenced Reads)长度的增加而升高。此特征是Illumina高通量测序平台所具有的。

7
8

参考序列比对

与参考基因组进行序列比对,获取在参考基因组或基因上的位置信息,以及测序样品特有的序列特征信息。

基因表达水平分析

从箱线图中不仅可以查看单个样品基因表达水平分布的离散程度,还可以直观的比较不同样品的整体基因表达水平。

9
10

差异表达分析

通过火山图(Volcano Plot)可以快速地查看基因在两个(组)样品中表达水平的差异,以及差异的统计学显著性。

基因融合分析

所谓融合基因,是指将两个或多个基因的编码区首尾相连,置于同一套调控序列(包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等)控制之下,构成的嵌合基因。融合基因可能会导致具有新的或不同功能的基因产物生成,这些异常活性的蛋白质会发挥癌基因的作用。

11
12

差异基因GO分析

GO数据库是一个结构化的标准生物学注释系统,建立了基因及其产物功能的标准词汇体系,其信息适用于各物种。该数据库结构分为多个层级,层级越低,节点所代表的功能越具体。

转录组测序数据量选取多大合适?

对于人、鼠等有参考基因组的转录组测序,为保证数据分析结果的可靠性和准确性百迈客推荐最低数据量6Gb clean data。如果想挖掘更多转录本信息,比如低丰度表达的转录本,建议增加数据量。因此,针对不同的研究目的可以灵活的选取相应的数据量。

RNA样本如何寄送?

对于提取好的RNA样本可以保存于RNase-free H2O中,然后干冰运输,对于新鲜组织样本,取完立即液氮速冻,或保存于保护液中,然后保存在-80度冰箱。特殊样本的提取注意事项欢迎咨询。

如何进行数据挖掘?

可从所有基因,差异基因及SNP三个方面进行数据挖掘。所有基因可通过功能注释信息,基因ID,基因名称,序列信息几个方面进行挖掘,同时还可以做表达基因集维恩图,WGCNA等分析。差异基因则可通过维恩图分析不同处理批次几个差异组合共同的差异基因;通常表达量变化趋势一致的基因,可能会有相似的功能,故可通过基因共表达趋势分析来进行差异基因的深入挖掘。SNP则可通过PCA分析,系统进化树,样品间差异SNP筛选及目标区域SNP查询等进行挖掘。以上这些分析均可在我公司云平台免费完成。