全长转录组测序

专业项目方案设计,深度解析数据

根据研究目的、实验材料及经费情况量身定制实验方案和定制化分析方案,
为客户提供从结题报告到文章发表的一站式服务!

  • 实验设计

  • RNA提取

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 售后答疑

分析内容

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无需打断测序,直接获得全长转录本

无需打断,直接读取反转录全长cDNA
有效的获取高质量单个RNA分子的全长序列
准确辨别可变剪接、等位基因、融合基因、基因家族

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百迈客云服务,项目进展透明化,尽享极致体验

实时追踪项目进展,一切动向尽在掌握。
意见直接反馈项目经理,高效解决。
可对在线项目各维度的服务进行评价。

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项目经验丰富,硕果累累

公司成立八年以来,转录调控研究共计发表了 130 余篇文章,影响因子累计 400 多分
拥有丰富的项目分析经验,至今累计完成 近300个物种5 万多个样品的转录调控研究
公司拥有 40 余项专利技术和 150 余项软件著作权,可根据项目需要选择最佳分析方案,保障结果精准

深度数据挖掘

50+项目分析人员

丰富的项目分析案例

优化的交互式报告

8年+项目分析经验

专业而热情的售后服务

三个分布式集群服务器

闪电般的分析速度

测序reads展示

全长转录组采用单分子实时测序技术,通过构建哑铃型文库,以环形方式循环测序。为了避免测序过程中对短片段偏好性,保证不同长度转录本的覆盖度,会按照转录本长度分开建库。通过对各文库测序所得reads长度统计,评估各文库构建质量。

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ROI 序列长度分布

下机原始数据通过数据处理去除哑铃型接头部分,每个单分子ZMW里插入序列的最高质量序列即为ROI序列,ROI数量是评估测序好坏的一个指标。ROI序列长度与建库时的cDNA长度选择有关,ROI序列随cDNA长度的增加而增加。

可变剪接分析

基因转录生成的前体mRNA(pre-mRNA),有多种剪接方式,选择不同的外显子,产生不同的成熟mRNA,从而翻译为不同的蛋白质,构成生物性状的多样性。这种转录后的mRNA加工过程称为可变剪接或选择性剪接(Alternative splicing)。可变剪接类型包括:(A) 外显子跳跃;(B) 可变转录终止位点;(C) 可变外显子;(D) 可变转录起始位点;(E) 内含子保留。百迈客使用Astalavista软件获取每个样品存在的可变剪接类型。

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转录本NR注释

Nr数据库是NCBI中的非冗余蛋白质数据库,包含了Swissprot、PIR(Protein Information Resource)、PRF(Protein Research Foundation)、PDB(Protein Data Bank)蛋白质数据库及从GenBank和RefSeq的CDS数据翻译过来的蛋白质数据信息。通过序列比对寻找同源物种,并进行注释。

转录本GO注释

GO数据库是GO组织(Gene Ontology Consortium)于2000年构建的一个结构化的标准生物学注释系统,旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系,适用于各个物种。GO注释系统是一个有向无环图,包含三个主要分支,即:生物学过程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和细胞组分(Cellular Component)。

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转录本KEGG注释

在生物体内,不同的基因产物相互协调来行使生物学功能,对表达基因的通路(Pathway)注释分析有助于进一步解读基因的功能。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。

全长转录组测序中,为什么要建3个以上文库?

答:全长转录组采用单分子实时测序技术,通过构建哑铃型文库,以环形方式循环测序。测序时,短片段文库更容易落入零模波导孔。为了避免测序过程中短片段文库偏好性,保证不同长度转录本的覆盖度,因此,会构建3个或3个以上文库。

全长转录组中ROI,subread, FLNC分别指什么?

答:ROI(Reads of Insert):指每个单分子测序反应器ZMW里插入序列的最高质量序列

Subread:每个聚合酶序列(polymerase read)被分割成的一个或多个子序列(Subread)

FLNC(Full-Length non-chimericRead):全长非嵌合序列,即两端同时含有3’引物和5’引物,及3’引物前含有polyA尾的非人工嵌合序列。

建库过程中因接头浓度或SMRTbell浓度过低造成两个cDNA模板链直接相连而生成的嵌合序列称为人工嵌合序列

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