全基因组关联分析（GWAS）

在某一群体中，不同座位上某两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率的现象，称连锁不平衡 (linkage disequilibrium) 。自然群体中连锁强度以D’或r²表示，D’或r²越接近于1，代表连锁关系越强。一般用r²大于0.1的数据作为连锁不平衡的衰减（LD decay）的数值，LD-decay越长，代表物种的SNP间发生重组的概率越小，LD-decay越短，代表物种的SNP间发生重组的概率越大。

基于SNP，利用TASSEL软件的混合线性模型(compressed MLM)得到关联值，公式计算为：y= Xα+Qβ+Kµ+e。其中，通过admixture软件计算样品群体结构Q，通过SPAGeDi软件计算样品间亲缘关系K，X为基因型，y为表型，最终每个SNP位点都能得到一个关联值。最终将性状关联到基因组XX号染色体上。

基于SNP，利用Haploview单体型预测软件，预测得到单体型块(趋向于整体遗传的基因序列，Block)。Block大小分布体现了在整个基因组范围内趋向于整体往下遗传的基因序列的长度，block越小，说明基因组重组越多。

一般情况下，全基因组关联分析的曼哈顿图常常与染色体位置、LD-Block图进行联合分析，根据显著关联的SNP位点确定注释的染色体区域，同时在该区域进行LD-Block分析，找到与该位点连锁较强的其他SNP位点，并对其所在的基因进行功能注释。