全外显子组测序

低成本,高产出

全外显子组测序(Whole Exome Sequencing,WES),

是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕获富集后进行高通量测序,

能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异。虽然外显子只占基因组的1%,

但人类基因组的蛋白编码区大约包含85%的致病突变。

测序深度更高,数据更有效,变异检测更准确!

不同质量&多种类型样本完美解决方案

样本类型:全血样本、PBMC(外周血单个核细胞)、新鲜冻存组织、FFPE样本、血浆样本以及羊水细胞等;

文库类型:单细胞建库(pg级)、低起始量建库(30-100ng)和常规建库(1μg)。

不同类型样本选择合适的提取试剂盒,不同质量DNA样本选择合适的提高有效文库比例的建库试剂盒。

从样本提取到文章发表–贴心服务支持

灵活的外显子捕获平台

采用主流的2大捕获平台,依据客户需求选择相应平台

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应用领域广泛,分析内容全面

针对不同研究领域提供个性化方案和最优分析流程

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百迈客云服务,项目进展透明化,尽享极致体验

实时追踪项目进展,一切动向尽在掌握

意见直接反馈项目经理,高效解决

可对在线项目各维度的服务进行评价

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丰富的项目经验,为科研保驾护航!

专利技术40 +

 软件著作权 150 +

项目经验3年+

独立的医学DNA产品研发团队

与参考基因组比对

比对效率,指比对到参考基因组上的数据量占所有clean data的百分比,反映样本测序数据与参考基因组的相似性。测序深度,指比对到参考基因组的碱基总数除以基因组大小;覆盖度,指被测到的基因组碱基总数占基因组长度的百分比;测序深度和覆盖度能够直接反应测序数据的均一性及与参考序列的同源性。

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SNV变异检测统计

与参考基因组比对后,检测SNV 和 InDel,统计基因组各个区域的SNV数目/比例以及编码区域各类型SNV数目/比例。

突变特征NMF聚类分析

DNA复制过程中错配、诱变剂诱导及DNA修复机制缺陷等突变过程催生了体细胞变异,不同突变过程产生特定突变类型组合,即突变特征。根据SNV及其上下文(上下游各1bp)的碱基种类,可以将点突变分为96种类型,根据各突变类型频率,通过NMF(非负矩阵分解)方法将SNV分解为多个不同的突变特征。

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驱动基因类型分布/突变频谱

利用MutSigCV软件分析待测基因突变频率与背景突变频率,鉴定体细胞突变中的显著性突变,即高频突变基因(Significantly mutated genes,SMGs),高频突变基因很可能为驱动基因,绘制高频突变基因突变频谱。

高频CNV分析(GISTIC重现性分析)

拷贝数变异(Copy number variation, CNV)表现为基因组片段的拷贝数增加或者减少,somatic CNV的缺失片段可能包含抑癌基因,扩增片段可能存在癌基因。检测Somatic CNV,对其分布进行分析,并利用GISTIC分析高频CNV。

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肿瘤纯度分析

临床上获得的肿瘤样本通常为癌细胞和正常细胞的混合组织,肿瘤纯度影响体细胞突变的检出数量。通过ABSOLUTE可根据肿瘤样本基因组拷贝数和体细胞突变等位基因频率,计算肿瘤样本纯度和倍性。

外显子测序的测序深度如何选择?

疾病研究,即germline变异研究,推荐10G数据量/样本 ;肿瘤等体细胞变异研究,肿瘤组织推荐15-20G以上数据量/样本(肿瘤纯度和肿瘤异质性,一般肿瘤中重要突变频率较低,需要增加测序深度);正常对照组织推荐10G数据量/样本。

什么是外显子测序的捕获效率?测序深度如何换算?

捕获效率是指测得比对到目标区域的序列(有效序列)占全部比对到参考基因组的序列的比例;捕获效率的高低不影响数据质量,只影响数据的有效比例。一般目标区域的捕获效率在60-70%,罗氏和安捷伦等外显子捕获试剂盒的目标区域大小在60Mb左右,即测序深度=10G*60%/60Mb=100X。

FFPE样本提取的DNA,一般降解严重,总量较低,是否可以进行外显子捕获测序?

FFPE样本为临床上非常重要且珍贵的样本来源,建议FFPE样本由百迈客进行提取,我们采用可以对FFPE样本中由于化学修饰导致的C>T变异校正的提取试剂盒;同时建库时采用可以提高断裂片段与接头序列连接效率的微量建库试剂盒,保证微量降解片段的建库成功率。百迈客拥有重度、中度、轻度降解、cfDNA及正常DNA建库经验,且全血样本、全血分离白细胞样本、新鲜冻存组织、FFPE样本、血浆样本以及羊水细胞等各种类型样本的提取经验丰富。