单细胞核转录组

挖掘更多潜在致病细胞类型

产品介绍

百迈客单细胞核转录组测序(Single Nuclei RNA Sequencing,snRNA-seq):通过提取样本单细胞核,基于10x Genomics平台分离、标记细胞核,在单细胞水平研究核基因表达检测的技术。为脑组织、心脏、肾脏等复杂组织或一些珍稀冻存样品提供了单细胞水平研究应用平台,可挖掘更多潜在的致病细胞类型,更易于探讨肿瘤细胞异质性和致病机理。

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百迈客单细胞核转录组测序技术原理

单细胞悬液或者组织分离单细胞核:通过百迈客优化细胞核分离试剂盒提取,清洗和重悬;再通过10x genomics单细胞测序平台利用微流控、油滴包裹和barcode标记等技术来实现高通量的单细胞核捕获,构建单细胞核转录组文库,借助Illumina测序平台对文库进行测序检测,即可一次性获得大量单细胞核的基因表达数据,从而实现复杂组织或珍贵冷冻样本在单细胞水平进行基因表达测序。

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单细胞核转录组实验流程图

  突破scRNA-seq三大挑战

 

1.新鲜组织、冷冻组织样本均可适用;

2.避免了组织解离过程中诱导应激相关基因的表达;

3.直接抽核,消化均匀,不具有偏好性,鉴定细胞类型更真实和完整。

 

新突破-适应范围更广

新鲜、冻存样本

脑、心、肾脏等复杂组织

难以解离样本

酶解离有偏好性样本

无惧细胞活性

无细胞粒径局限

产品优势

操作简单 采用直接抽核方式,而且核膜比细胞膜稳定,操作相对简单
适用范围广 新鲜/冻存、难消化、复杂组织类型均可,并且无细胞粒径活性局限
结果精准 解离过程中无人为引入“转录偏好”,结果真实可靠
信息全面 组织细胞消化均一性好,获取真实的细胞类型组成和比例,鉴定细胞类型更全面和完整
高质量抽核 针对不同组织基于单细胞核分离试剂盒,百迈客优化单细胞核悬液制备方法
经验丰富 累计制备100余种组织类型、3000+例的单细胞样本,超高核抽提经验
强大生信分析 实现单细核数据可视化,挖掘更多的罕见细胞类型,提供个性化分析

应用方向

细胞图谱绘制

生长发育

神经学科研究

肿瘤学研究

干细胞分化

挖掘未识别细胞类型

snRNA-seq可深入挖掘特殊或罕见细胞类型,全面解读肿瘤疾病致病机理。

结果展示

1
tSNE降维聚类细胞分群
3
特定基因表达小提琴图
2
细胞轨迹分析
4
marker基因鉴定分析

常见问题

单细胞核和单细胞转录组测序区别

(1)单细胞核RNA测序实验需要提取分离制备单细胞核悬液,而单细胞转录组测序只需要制备单细胞悬液,检测的基因不同,但是两者都可以根据基因表达进行细胞分群。

(2)单细胞核RNA测序可以使用冻存样本,没有细胞粒径局限,适用范围更广。

(3)两者数据分析相似,主要分析都是细胞分群、细胞亚群鉴定、marker基因鉴定、细胞群基因表达分析、细胞轨迹分析等。

单细胞核转录组测序适用范围?

1、适用于冻存组织样品,克服单细胞转录组测序需要样本新鲜和时效性局限;

2、适用于难以制备单细胞悬液的组织样品,比如脑组织、心脏、肾脏等复杂组织;

3、酶解离有偏好性的样本更适用单细胞核RNA测序,获取真实的细胞类型组成和比例;

4、适用于细胞粒径过大,细胞不规则,细胞活性偏低的样本,比如神经元细胞、心肌细胞、骨骼肌纤维细胞等;

5、适用于无法获取高质量原生质体,提取细胞核进行单细胞水平研究。

经典案例

snRNA-seq挖掘新的调节产热的脂肪细胞亚群

脂肪组织通常根据其功能分为白色、棕色或米色(brite) ,它是系统代谢的重要调节因子,肥胖中脂肪组织功能失调可导致多种继发性代谢并发症,同时通过旁分泌和内分泌信号调节系统的新陈代谢。本文作者利用单细胞核RNA测序(snRNA-seq)分析小鼠和人的脂肪组织细胞的异质性,结果在小鼠体内发现了一种罕见的脂肪细胞亚群,并且证实该细胞亚群可以通过醋酸盐介导的调节其产热能力来调控邻近脂肪细胞的活动。由此可见snRNA-seq可挖掘更多潜在的细胞类型,更易于探讨肿瘤细胞异质性和致病机理。

文献原文:snRNA-seq reveals a subpopulation of adipocytes that regulates thermogenesis. 2020, Nature, IF=42.778

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snRNA-seq揭示了罕见的脂肪细胞群(CYP2E1 + ALDH1A1 + Cell)