真菌基因组测序分析 | 百迈客生物科技

真菌基因组产品技术介绍

真菌基因组研究，采用2+3或2+3+光学等测序策略对真菌基因组进行测序、组装以及功能注释，可根据不同需求选择真菌基因组调研图、真菌基因组精细图以及真菌基因组准完成图进行研究

真菌基因组相对复杂，百迈客可根据具体的研究目的提供不同的研究方案，采用二代测序、三代测序以及光学图谱等丰富全面的测序平台对真菌基因组进行深度研究。

提供专业的真菌基因组分析，精确丰度的标准分析对真菌详细信息进行解读，全面了解基因组信息，通过比较基因组分析，可更深度解读真菌生物学意义。

真菌基因组测序，依托丰富全面的二代测序、三代测序、光学图谱等先进平台，百迈客对于真菌基因组研究更为专业。

对真菌基因组进行提取，根据研究目的进行不同产品选择，对应相应建库测序策略组装真菌基因组进行分析。

真菌基因预测基因比对到KOG数据库，可对真菌基因产物进行直系同源分类。

通过比较基因组分析，借助OrthoMCL软件对蛋白序列进行家族分类，寻找真菌特有的基因家族。

号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，可以引导蛋白跨膜转移。利用已预测得到的蛋白质序列，预测氨基酸序列中是否存在信号肽

利用真菌的基因序列与近源物种的基因序列进行Blastn比对，寻找两个物种间同源的基因、蛋白序列，然后根据同源基因在各个真菌中序列上的位置信息得到核酸水平上的共线性关系

1、真菌基因组二代+三代具体是怎么组装的？

答：具体的组装方法有三种，选择最优的组装结果。

方法一：二代数据和三代数据测序片段混合组装；

方法二：二代数据和三代数据分别组装，然后再用分别组装后的结果在congtig水平再连接组装；

方法三：二代数据组装，再用三代数据对二代组装的contig进行连接到scaffold水平。

2、真菌基因组准完成图是什么意思？

答：真菌基因组准完成图是通过二代测序+三代测序+光学图谱结合进行组装分析，将真菌基因组组装到近染色体的水平，组装到近染色体不是说通过光学把组装的scaffold挂到染色体上，意思是组装出来的scaffold数量接近染色体的数量，是组装完整性的一种指标。

3、真菌基因组材料选择有哪些注意事项？

答：对于真菌基因组测序，首先注意保证不要有杂菌的污染，需要通过核染色确定真菌基因组是单核还是多核，可通过细菌基因组调研图来确定杂合度以及重复序列，再评估最佳的精细图测序策略。