真菌基因组精细图（PacBio）
真菌基因组产品技术介绍
真菌基因组研究， 采用2+3或2+3+HiC等测序策略对真菌基因组进行测序、组装以及功能注释，可根据不同需求选择真菌基因组调研图、真菌基因组精细图以及真菌基因组准完成图进行研究
根据不同研究提供全面技术分析
真菌基因组相对复杂，百迈客可根据具体的研究目的提供不同的研究方案，采用二代测序、三代测序以及HiC等丰富全面的测序平台对真菌基因组进行深度研究。
测序策略和送样要求
| 产品类型 | 测序策略 | 承诺指标 | 总量要求（μg） |
| 调研图 | Illumina | 承诺测序深度 | ≥0.6 |
| 精细图 | Illumina 50X + ONT 100X | Contig N50 ≥2M | ≥3 |
| Pacbio HIFI 30X | |||
| 准完成图 | Illumina 50X + ONT 100X (Pacbio HIFI 30X) + Hi-C 100X | 至少90%的基因组序列定位到染色体 | ≥5 |
| 环境样品 | 取样方法 | 保存及运输 |
| 单细胞真菌 | 显微镜下观察酵母菌生长状态，最好收集生长期处于对数期的酵母菌；将适量体积的酵母菌液转移至将2 mL旋盖尖底离心管中（无菌，无核酸酶），于室温下14000×g 离心1 min；弃尽培养基，将酵母细胞沉淀迅速置于液氮中冷冻3 h以上，然后转移至-80 °C长期保存 | -80℃冰箱保存，干冰运输 |
| 大型真菌 | 从菌体上，取下生长旺盛的组织，用无菌水冲洗干净，再使用 75%乙醇冲洗，用吸水纸吸干样品表面；如果组织体积较大，应尽量将组织剪切成长宽高均≤0.5cm 的小块；将处理好的组织样本保存于2 ml 或更大体积的旋盖冻存管中或者用准备好的锡箔纸包裹组织 |
全面丰富的信息分析内容
提供专业的真菌基因组分析，精确丰度的标准分析对真菌详细信息进行解读，全面了解基因组信息，通过比较基因组分析，可更深度解读真菌生物学意义。
| 分析类型 | 研究目的 | 具体分析内容 |
| 分析内容 | 基因组组装 | 测序数据质控；基因组组装：组装结果统计，组装评估 |
| 基因组组装分析 | 重复序列预测；编码基因预测；非编码RNA预测；假基因预测；基因簇预测 | |
| 基因组功能注释 | 通用数据库注释：GO, KEGG, KOG, TrEMBL，Swiss-prot, Nr, pfam； 专有数据库注释： CAZy，TCDB，PHI，CYPED，DFVF； 蛋白亚细胞定位分析：信号肽预测；跨膜蛋白预测；分泌蛋白预测；效应蛋白预测 |
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| 表观遗传 | 6mA，4mC甲基化修饰位点分析；特异性motif分析 | |
| 高级分析（可选） | 比较基因组等 | 特有功能基因富集分析；快速进化基因检测；快速进化基因功能分析；物种间进化关系分析；共线性分析； |
真菌基因组测序我们更专业
真菌基因组测序，依托丰富全面的二代测序、三代测序、HiC等先进平台，百迈客对于真菌基因组研究更为专业。
技术路线
对真菌基因组进行提取，根据研究目的进行不同产品选择，对应相应建库测序策略组装真菌基因组进行分析。
KOG分析
真菌基因预测基因比对到KOG数据库，可对真菌基因产物进行直系同源分类。
共有特有基因分析
通过比较基因组分析，借助OrthoMCL软件对蛋白序列进行家族分类，寻找真菌特有的基因家族。
信号肽预测
号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，可以引导蛋白跨膜转移。利用已预测得到的蛋白质序列，预测氨基酸序列中是否存在信号肽
共线性分析
利用真菌的基因序列与近源物种的基因序列进行Blastn比对，寻找两个物种间同源的基因、蛋白序列，然后根据同源基因在各个真菌中序列上的位置信息得到核酸水平上的共线性关系
答：具体的组装方法有三种，选择最优的组装结果。
方法一：二代数据和三代数据测序片段混合组装；
方法二：二代数据和三代数据分别组装，然后再用分别组装后的结果在congtig水平再连接组装；
方法三：二代数据组装，再用三代数据对二代组装的contig进行连接到scaffold水平。
答：真菌基因组准完成图是通过二代测序+三代测序+光学图谱结合进行组装分析，将真菌基因组组装到近染色体的水平，组装到近染色体不是说通过光学把组装的scaffold挂到染色体上，意思是组装出来的scaffold数量接近染色体的数量，是组装完整性的一种指标。
答：对于真菌基因组测序，首先注意保证不要有杂菌的污染，需要通过核染色确定真菌基因组是单核还是多核，可通过细菌基因组调研图来确定杂合度以及重复序列，再评估最佳的精细图测序策略。
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