细菌基因组测序

细菌基因组完成图技术介绍

通过采用三代测序技术,对细菌基因组进行测序、拼接、组装,获得完整细菌基因信息。对其进行功能基因注释以及个性化分析,全面解析细菌生物学意义。细菌基因组研究不仅有利于研究细菌的基本生命过程, 同时也对高等真核生物的基因组学及后基因组学研究提供了参考。

实验设计到信息分析的解决方案

提供方案设计到售后服务整的细菌基因组研究策略,全面丰富的标准分析以及个性化多角度解决微生物生物学意义。

  • 方案确定

  • 提取检测

  • 建库测序

  • 信息分析

  • 售后服务

技术策略与送样要求

二代测序深度: ≥100x、三代测序深度: ≥100x、承诺指标细菌完成图 0gap

DNA送样:

DNA浓度 ≥20ng/μl(Qubit),DNA质量≥15ug(Qubit)DNA电泳条带单一,无明显降解。

菌体送样:

收集生长对数期菌体,收集离心菌体数3×1010 个,与无菌离心管中,液氮速冻,干冰运输。

产品优势与项目经验

丰富的项目经验与专业的信息团队,提供最全面准确的信息分析。

高水平分析团队

丰富的项目经验

全面的分析内容

专业的售后服务

数据质控

细菌完成图三代测序数据下机后,对原始的下机数据(Raw reads)经过数据过滤,可得到高质量测序数据(subreads)用于后期拼接组装分析。

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基因组圈图

利用已预测得到的基因组信息,如重复序列、GC含量等,应用软件Circos绘制基因组圈图。Circos可视化基因组,可以更清晰的探索基因组组件或位置之间的关系。

GO注释分析

利用预测得到的基因序列与GO功能数据库做blast比对,可以对细菌基因和蛋白质进行限定和描述。通过GO分析,可以把基因按照其参与生物学过程、构成细胞的成分和实现的分子功能等进行分类。

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进化树分析

使用基因家族分析中的单拷贝基因家族中的单拷贝基因(物种之间一一对应的直系同源基因)构建超级基因序列,利用phyML软件构建物种系统进化树,从而展现物种间的进化亲缘关系。

特有基因代谢通路分析

通过共有和特有基因分析,某个物种特有的基因常与该物种特有的环境或者进化过程相关,分析物种特有的基因也可能可以解释物种特有的生命特征。在通用数据库注释部分已经对测序菌株的所有基因进行了详细的功能注释。

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1、细菌基因组完成图为什么要测二代数据?

答:细菌基因组会有100x的二代测序,其一,二代数据组装检测细菌样品是否有杂菌污染,其二,二代数据用于三代数据纠错。从而得到完整准确的细菌基因组。

2、细菌基因组完成图是否可以组装出质粒?

答:细菌细胞内一般会纯在部分质粒,细菌基因组完成图可以组装出部分质粒信息,但是由于建库的长度以及质粒的数量限制,不保证完全组装出所有质粒。

3、细菌基因组测序中比较基因组分析是什么?

答:细菌基因组比较基因组分析,主要是分析有亲缘关系的细菌基因之间的差别,通过比较基因组分析亲缘远近关系,特有和共有基因以及共线性分析等,找到差异基因,对差异基因进行功能注释,解析近缘关系细菌间生理或形态差别的原因。

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