百创S1000空间芯片试剂盒

国内首款基于微孔的亚细胞分辨率空间转录组芯片

产品介绍

百迈客自主研发的百创S1000空间转录组芯片试剂盒,是国内首款基于微孔的分辨率达到亚细胞水平的芯片。一共包含3套试剂盒:

  • 1)组织透化测试试剂盒,包括用于组织透化测试的试剂,目的是为了摸索组织透化的最佳时间;
  • 2)基因表达试剂盒,包括用于捕获组织切片中的mRNA,进行后续建库测序的试剂;
  • 3)芯片试剂盒,包括组织透化测试芯片、空间基因表达芯片和恒温适配器。

技术原理

空间转录组测序技术通过对空间表达芯片上的组织切片进行原位表达分析和组织学分析,将基因表达信息定位到它们的原始空间位置。百创S1000空间表达芯片包含最多8个捕获区域,其捕获区域大小为6.8×6.8 mm2,区域内包含超200万个空间点,每个空间点直径为2.5 μm,点和点之间中心距离为5 μm。

每个空间点上密集分布着包含poly(dT)VN(用于捕获mRNA)和空间点特异性Barcode(用于标记空间捕获点内mRNA并提供位置信息)的寡核苷酸序列。覆盖在捕获区域上的组织切片经透化后,mRNA被释放出来并被下方空间捕获点上的序列捕获,这些mRNA经逆转录后形成带有空间特异性Barcode的cDNA,通过建库测序和数据分析实现空间基因表达的可视化。

百创S1000芯片结构示意图

产品特点

  • 适用样本广泛

    适用于植物、动物样本的冰冻组织切片,均可测序。

  • 高通量测序

    每个捕获区域包含~200万个条形码化的mRNA捕获点,每个点平均捕获0.25个细胞(具体取决于组织类型)。

  • 亚细胞定位

    每个mRNA捕获点的直径为2.5 μm,点与点之间的中心距离为5 μm,细胞直径大约为10~20 μm,可检测不同功能区基因表达的差异。

  • 兼容性强

    可兼容现有的二代、三代pacbio和三代ONT主流测序平台,下游数据分析可与主流的seurat、R包等兼容,进行数据深入挖掘分析。

  • 高通量

    检测整个组织重点全部基因表达信息。

部分实验数据

1、亚细胞分辨率,可实现特定组织区域分子定位

百创S1000分辨率可达到5µm,相比目前国外空间转录组测序芯片精度提高了近400倍,高分辨率下HE染色组织形态学与spots聚类空间分布图重合度更高,精准识别空间基因表达的异质性和组织区域的特异性。

胚胎亚细胞分辨率空间转录组检测结果。

2、支持多级分辨率水平分析,精准检测空间多层次结构

百创S1000芯片spot直径为2.5μm, 可针对组织亚群在多级分辨率下再聚类分群,高分辨率下组织区域聚类结果增多,精确识别边界区域的特定层空间区域分析

胚胎亚群亚细胞不同分辨率下空间转录组检测

3、脑海马亚细胞分辨率实测数据展示

利用百创S1000  BSTMatrix智能化可视化平台,高度还原组织形态学和百万级别空间位置分子信息的结合,直观呈现复杂的多层次组织结构亚细胞级别可视化图谱。

脑海马亚细胞分辨率空间转录组检测。