百创S1000空间转录组芯片

产品介绍

百创S1000（BMKMANU S1000）是由百迈客生物设计并研发而来的基于微孔微珠上Spatial Barcode实现对组织切片mRNA分子捕获的亚细胞级空间转录组芯片。百创S1000可以广泛应用于生物器官发育、神经科学、免疫感染、胁迫应激、生物遗传进化等生命科学领域的研究。

百创S1000优势

亚细胞分辨率

哺乳动物体细胞平均直径为10μm，百创S1000空间转录芯片分辨率达到了4.8μm，到达亚细胞级别。

多级分辨率调整

百创S1000空间转录芯片结果支持从100μm-4.8μm动态调整。

保留HE染色

百创S1000空间转录芯片保留原片HE染色，结合高分辨率的spots聚类，能得到更为精准的结果。

捕获区域灵活定制

百创S1000空间转录芯片支持1-8个捕获区域的灵活订制。

更好兼容Nanopore三代数据

Nanopore有效拆分了接近50%。

Nmuber of Reads	Number of Base	Reads with Valid Barcode	Bases with Valid Barcodes	N50	Bases Mapped to Transcriptome And with Valid Barcode
105,553,898	70,516,281,320	73.85%	73.42%	740	49.55%

二代与三代数据的UMI/Gene counts per spot的相关性还是tSEN/UMAP的降维聚类，都显示具有非常高的一致性。这充分说明百创S1000-Nanopore全长转录组产品完全可以独立进行数据的拆分与挖掘分析，无需依赖NGS数据的校正。

UMI counts per spot

Gene counts per spot

技术原理

在6.8mm * 6.8mm的捕获区域内有约220万个直径2.5μm的微孔，将布满oligo（R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN）直径2.5μm的微球随机嵌入到微孔之中，形成阵列，相邻两个微珠的中心距离为4.8μm。Spatial barcode 种类有为5600万种，提供了更为长的sptail barcode长度，约为70bp，这能更好的兼容三代测序，能大幅提高nanopore数据的BC识别效率。