CircRNA测序

专业项目方案设计,深度解析数据

根据研究目的、实验材料及经费情况量身定制实验方案和定制化分析方案,
为客户提供从结题报告到文章发表的一站式服务!

  • 实验设计

  • RNA提取

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 售后答疑

分析内容

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文库类型多样化,环状/Lnc任您挑

环状RNA文库排除线性RNA 干扰,提高数据可靠性及利用率
lncRNA文库一举三得,CircRNA、mRNA、lncRNA一网打尽,共表达分析深化机理研究

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百迈客云服务,项目进展透明化,尽享极致体验

实时追踪项目进展,一切动向尽在掌握。
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可对在线项目各维度的服务进行评价。

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项目经验丰富,硕果累累

公司成立八年以来,转录调控研究共计发表了 130 余篇文章,影响因子累计 400 多分
拥有丰富的项目分析经验,至今累计完成 近300个物种5 万多个样品的转录调控研究
公司拥有 40 余项专利技术和 150 余项软件著作权,可根据项目需要选择最佳分析方案,保障结果精准

深度数据挖掘

50+项目分析人员

丰富的项目分析案例

优化的交互式报告

8年+项目分析经验

专业而热情的售后服务

三个分布式集群服务器

闪电般的分析速度

CircRNA预测

circBase数据库中收录了人、小鼠、线虫、矛尾鱼和腔棘鱼五个物种的CircRNA序列。百迈客综合目前应用最广泛的CircRNA预测软件对环状RNA成环的剪接位点进行预测,候选CircRNA的剪接位点两侧存在GU/AG。相同染色体上来源基因起止位点相同即为同一CircRNA。多个样品取并集得到的所有CircRNA用于后续分析。

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circos分析

我们会对CircRNA在基因组上的分布作统计分析,并用circos图呈现出各个样品CircRNA表达量。circos图清晰展示出不同样品某位点环状RNA剪接稳点的数量及junction reads覆盖深度。

差异CircRNA聚类分析

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的基因聚集成类,从而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能,同类基因可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。对筛选出的差异表达CircRNA做层次聚类分析,将具有相同或相似表达行为的CircRNA进行聚类。

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差异CircRNA来源基因注释

生物体内,在特定条件下某些基因对应的转录本会形成环状RNA,失去编码功能,从而影响生物学表型。因此,针对circRNA的来源基因分别进行GO和KEGG注释及富集分析,有助于深入挖掘circRNA功能。

没有参考基因组是否能做CircRNA呢?

答:在CircRNA预测时,测序clean reads需要与参考基因组比对,得到准确的成环剪接位点(breakpoint);如果没有参考基因组或者只有无参转录组得到的Unigene,可能会由于拼接错误等造成CircRNA预测不准确,所以为了得到准确的分析结果,需要选择有参考基因组物种进行分析。

CircRNA的成环机制都有哪些?

答:CircRNA的成环机制有:套索驱动的环化;内含子配对驱动的环化;内含子环化;RBP或一类反式因子驱动的环化;可变剪接引起的环化。