真核有参转录组

专业项目方案设计,深度解析数据

根据研究目的、实验材料及经费情况量身定制实验方案和定制化分析方案,为客户提供从结题报告到文章发表的一站式服务!

  • 实验设计

  • RNA提取

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 售后答疑

分析内容

.png

百迈客云服务,个性化分析全面升级

基于基因功能关键词、基因名称、序列和ID的检索功能、WGCNA分析等深入挖掘基因功能。

选择差异分析方案,差异表达基因集查询、基因集维恩图及共表达趋势分析等。

基因结构挖掘,PCA、系统进化树及SNP分析等。

可视化操作、交互性基因深度挖掘,关键基因功能及通路分析,关注哪里,“点”哪里。

4

百迈客云服务,个性化分析8小时云交付

youcan

百迈客云服务,项目进展透明化,尽享极致体验

实时追踪项目进展,一切动向尽在掌握。

意见直接反馈项目经理,高效解决。

可对在线项目各维度的服务进行评价。

.jpg

项目经验丰富,硕果累累

公司成立八年以来,转录调控研究共计发表了 130 余篇文章,影响因子累计 400 多分
拥有丰富的项目分析经验,至今累计完成 近300个物种5 万多个样品的转录调控研究
公司拥有 40 余项专利技术和 150 余项软件著作权,可根据项目需要选择最佳分析方案,保障结果精准

深度数据挖掘

50+项目分析人员

丰富的项目分析案例

优化的交互式报告

8年+项目分析经验

专业而热情的售后服务

三个分布式集群服务器

闪电般的分析速度

数据质控

为确保Reads有足够高的质量,将下机原始测序数据(raw reads)去掉含有带接头的、低质量的reads,得到clean reads,保证后续分析的准确性。测序因受测序仪本身、测序试剂、样品等因素影响,存在一定的错误率。碱基测序错误率分布图可以反映测序数据的质量。

294
500

参考序列比对

将Clean Reads与参考基因组进行序列比对,获取在参考基因组或基因上的位置信息,定位区域分为Exon(外显子)、Intron(内含子)
和Intergenic(基因间区)。比对到参考基因组上的Reads称为Mapped Reads,Mapped Reads占Clean Reads的百分比,可以评估所选参考基因组组装是否能满足信息分析的需求。

基因表达水平分析

生物学重复的相关性不仅可以检验生物学实验操作的可重复性,还可以评估差异表达基因的可靠性和辅助异常样品的筛查。

609
683

重复相关性评估

生物学重复的相关性不仅可以检验生物学实验操作的可重复性,还可以评估差异表达基因的可靠性和辅助异常样品的筛查。

差异表达基因分析

差异表达基因以火山图、MA图、韦恩图、聚类热图、蛋白互作图等形式呈现,通过火山图(Volcano Plot)可以快速地查看基因在两个(组)样品中表达水平的差异,以及差异的统计学显著性。对于有生物学重复的样本,我们采用DEseq进行样品组间的差异表达分析,获得两个生物学条件之间的差异表达基因集;对于没有生物学重复的样本,使用EBseq进行差异分析。筛选差异基因标准一般为:Fold Change≥2,FDR<0.01。

921
1038

差异表达基因聚类分析

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的基因聚集成类,从而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能,同类基因可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。

差异表达基因GO分类

差异表达基因GO注释分类统计图,直观的反映出在生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)
和分子功能(molecular function),所有基因和差异基因注释GO term的个数分布。可深入挖掘差异基因的功能及所在的信号通路,筛选关注差异基因注释情况。

1219
1333

差异表达基因蛋白互作网络

STRING收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库,包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对,构建差异表达基因互作网络。

Q1. 在转录组的三个重复测序中,不是所有基因的的可变剪接都会出现3次,有的出现1次或2次,这种情况如何判定该基因是否存在相应的剪接方式?

答:针对每个样品,同一个基因的不同转录本会存在可变剪接,我们只是根据测序的实际数据对可变剪接进行预测,而不是进行验证;如果要判断是否存在相应的剪接方式,需要实验去验证。重复实验存在一定的差异,会导致可变剪接的不同。

Q2. 转录组结果与基因组比对后,没有相应的注释结果,我们认为是New genes。但是,在NCBI注释后,有些基因的注释结果显示是参考基因组物种,这种基因还能算是new genes吗?

答:我们分析流程中是将测序的Reads比对到参考基因组,然后进行拼接,其中一些reads比对到基因间区并且能拼接出完整的开放阅读框,拼接出来的位于基因间区的这些基因即为新基因。预测得到的新基因才会进行功能注释,所以注释结果与新基因的判断没有关系。

Q3:生物学重复样品中某个样品与其他相关性不太好该怎么处理?会不会影响文章发表?

答:为了确保分析结果的准确性,老师通常会设置3个生物学重复,这样就可能出现生物学重复中某个样品相关性不好的情况,影响后续差异分析结果的准确性。通常可将该处理组中相关性不好的样品剔除,再进行差异分析。后期可通过RT-qPCR等试验手段弥补生物学重复的不足,不会影响文章的发表。

联系我们

我们现在不在。但你可以发邮件给我们,我们会尽快回复你。