LncRNA测序

专业项目方案设计,深度解析数据

根据研究目的、实验材料及经费情况量身定制实验方案和定制化分析方案,
为客户提供从结题报告到文章发表的一站式服务!

  • 实验设计

  • RNA提取

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 售后答疑

分析内容

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百迈客云服务,个性化分析全面升级

基于基因功能关键词、基因名称、序列和ID的检索功能、WGCNA分析等深入挖掘基因功能。
选择差异分析方案,差异表达基因集查询、基因集维恩图及共表达趋势分析等。
基因结构挖掘,PCA、系统进化树及SNP分析等。
可视化操作、交互性基因深度挖掘,关键基因功能及通路分析,关注哪里,“点”哪里。

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项目经验丰富,硕果累累

公司成立八年以来,转录调控研究共计发表了 130 余篇文章,影响因子累计 400 多分
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lncRNA预测

lncRNA的预测包含基本筛选和潜在编码能力筛选两部分。百迈客综合目前应用最广泛的编码潜能分析方法对候选lncRNA进行进一步的筛选,主要包括:CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白结构域分析四种方法。为直观展示分析结果,将4种分析软件鉴定得到的noncding transcripts进行统计,做维恩图。同时对以上4种分析结果取交集,用于后续lncRNA分析。

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lncRNA分类

经过四种软件预测筛选后,对最终得到lncRNA种类及占比情况进行统计,包括:lincRNA、anti-sense_lncRNA、intronic_lncRNA、sense_lncRNA。

差异表达LncRNA聚类分析

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的LncRNA聚集成类,从而识别LncRNA的功能,同类LncRNA可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。对筛选出的差异表达lncRNA做层次聚类分析,将具有相同或相似表达行为的lncRNA进行聚类。

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差异表达LncRNA染色体分布

基因在染色体上的位置关系同基因行使的功能有着重要的关系,文献中有报道一部分lncRNA有潜在的启动子功能,对其邻近的基因具有调控功能,因此我们对差异表达lncRNA和mRNA序列在染色体分布做出分析。

LncRNA有哪些主要功能?

答:LncRNA的主要功能有:干扰下游基因的表达;干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;作为小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前体分子。

如何进行LncRNA的预测?

答:lncRNA的预测包含基本筛选和潜在编码能力筛选两部分。

(1)筛选长度≥200bp,Exon个数≥2,FPKM≥0.1的转录本序列进行后续编码潜能预测;

(2) 应用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白结构域分析四种方法对基本筛选获得的转录本进行编码潜能预测,保留不具编码潜能的转录本序列,四种方法取交集即为最后预测出的LncRNA。