医学ATAC-seq

产品介绍

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing),基于高通量测序的染色质转座酶可接近性实验。在核小体连接致密的地方,转座酶不能进入,而松散的区域,转座酶能够进入并切割下暴露的DNA区域,并同时连接上特异性的接头,有接头的DNA片段被分离出来,用于高通量测序。因此,ATAC-seq可以得是全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域,并且通过分析染色质开放区域的motif,可以获得潜在的活跃转录因子及其靶基因。

服务流程

  • 样品寄送

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 出具报告

  • 售后答疑

实验流程

ATAC-seq主要实验流程首先是制备细胞悬液,然后裂解液裂解细胞获得细胞核,进一步使用Tn5转座酶酶切并纯化,最后回收DNA片段,对回收片段进行末端修复、3’端加A、连接测序接头,片段大小选择以及PCA扩增等步骤获得标准的高通量测序文库,使用Illumina测序平台进行测序。

信息流程

原始测序Reads经过去接头和过滤低质量,获得Clean Reads。将Clean Reads与参考基因组序列进行比对,通过Reads在基因组上的比对位置信息,进行Peak calling,并进行motif预测、转录因子靶基因挖掘、差异Peak和Motif等分析。

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开放染色质区域可视化图
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转录起始位点附近的开放染色质区域
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差异开放染色质区域聚类热图
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开放染色质motif
6
差异开放染色质区域功能基因富集分析

 常见问题

ATAC-seq需要生物学重复吗?

需要的,推荐3-5个重复,目的是为了老师实验结果的准确性和可重复性。

到底motif是什么?

简单地讲, Motif 就是一段特定模式的DNA序列。可以理解为开放的染色质区域有着序列偏好性,而偏向的序列就是motif。

ATAC-seq和Chip-seq的区别?

Chip-seq是研究特定转录因子或者蛋白结合的区域,需要用抗体去免疫共沉淀相应的区域。而ATAC-seq无需抗体,可将所有转录因子或者蛋白可能结合的区域用Tn5转座酶切割下来进行测序。