10x Genomics单细胞转录组测序分析

1、根据已知的 marker gene 来确定： 根据之前的经验和文献记载，已知某一些细胞类型会特异表达一些 marker gene， 比如 T 细胞中特异表达的 CD3/CD4，B 细胞中表达的 CD19/CD20 等。

1)根据 marker gene 在 cluster 细胞中的表达情况来确定：利用 Loupe Cell Browser 或其他软件，标记 cell 中表达 marker gene 的情况，来推测哪个 cluster 是某种细胞类型。

2)根据软件鉴定到的差异表达基因或者 marker gene 来确定：Cell-Ranger 与 monocle2（或其他单细胞分析软件）均提供 cluster 差异表达基因的结果，如果已知某种细胞的Marker gene，可以在差异基因列表中寻找，是否存在这些 marker gene，从而推测该cluster 是否为某种细胞类型。

2、根据基因所在功能通路确定： 不清楚具体的 marker gene，或者某些 cluster 找不到已知的 marker gene。根据cluster 中差异基因或者共表达基因所在 KEGG 和 GO 通路，推测细胞的功能。

在很多生物进程中，细胞并不是全部同时处于同一个时期的。利用单细胞基因表达研究 细胞分化时，捕获到的细胞通常处于范围较广的不同时期：某些细胞细胞还未开始分化，某些处于中间状态，而另一些可能已经分化结束。所以整体看来，样品中的各个细胞基因表达波动较大，研究起来十分复杂。拟时间分析根据基因表达量信息，计算细胞与细胞时间的距离，估算出将所有细胞排列到其拟时间进程后的总最短路径，帮助了解样品中细胞的种类与细胞分化的过程。

各个软件的分析是独立的，虽然其中的具体分析内容存在交集，比如细胞聚类，差异基因鉴定，功能注释等，但不同软件的算法是不一样的，在查看结果进行后续解读时，切记不要弄混。

Cell-Ranger 是 10x 官方提供的分析软件，其结果主要包括在原始的网页报告中，分析内容较少，而且可修改以及定制化分析的余地较小；monocle2 是目前主流的单细胞分析软件包，由华盛顿大学的 Cole Trapnell（之前 TopHat 和 Cufflinks 的作者）开发，涵盖单细胞分析中的绝大部分，脚本相对较为灵活，可根据具体的要求对参数和方法进行修改，以获得最佳的结果；此外，还可以提供 SC3 软件的分析，根据后续项目个性化的要求，对结果进行调整，或者重分析。

不同软件的分析内容，结果展现形式，均存在一定的差异，具体采用哪一套分析的结果， 主要依赖客户根据自身要求，以及结果与预期的相符合程度进行挑选。