先前已经大致介绍了circos软件的安装、配置文件、如何画图等。下面小编将详细介绍一下染色体的设置问题。
Circos图可以展示数据在染色体上的分布情况，首先我们需要一个染色体的信息文件，画出染色体的圈，该信息由circos.conf的karyotype参数进行设置，如下图：
该文件以\t分隔，共有七列信息，下面是该文件的具体信息 ：
小编给大家温习一下该文件各列的具体含义：第一二列一般都设置成chr和-；第三列染色体的编号，要求每条染色体的名字必须唯一；第四列染色体标签，即在图中展示的名字；第五列和第六列分别是染色体的起始和终止位置；第六列是每条染色体的颜色，软件安装目录里的colors.ucsc.conf已经使用RGB代码定义了这些标签的颜色。当然，大家可以根据自己的需要在colors.brewer.conf文件中设置染色体的颜色（上图hs19~hsY的颜色就是小编根据自己的需要设置的染色体颜色），circos教程具体设置方法如下:
参数chromosome_units定义一个染色体刻度（u）的大小，参数chromosomes_units=1000000的意思是1u=1000000，那10u就是10*1000000。
Circos软件默认画出所有染色体的信息，如果我们想只展示其中的某些染色体，可以在circos.conf的添加下图中的两个参数：
chromosomes_display_default = no，意思就是关闭默认显示。只需用“chromosomes =”指定需要显示的染色体。hs1,hs2,hs3等都是染色体组型文件当中的第三列信息。画出的图如下：
如果想自定义染色体排列顺序，可以使用chromosomes_order参数来设定，假设在上图的基础上，想将hs11，hs12，hs13染色画在前面，可以设置chromosomes_order=hs11;hs12;hs13;hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8;hs9;hs10;hs14;hs15;hs16;hs17;画出的图如下：
上面我们出的图染色体之间间隔较近，我们可以使用<spacing>…</spacing>设置染色体间隔，使染色体之间的间隔变大。
将原参数default=0.003r改为0.003r，生成的图如下：
如果我们只想设置某两条染色体之间的间隔大，可以通过<pairwise>…….</pairwise>参数设置，染色体之间以分号分隔，spacing参数设置两条染色体之间的间隔。
如果不想填充条带，只想以染色体对应的颜色填充染色体的，可以通过设置show_bands= no参数实现。
如果既想填充颜色，又想填充条带参数设置如下：
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