我国是世界上重要的淡水虾产地,淡水虾是一类生活在淡水中的节肢动物，种类非常多，常见的有青虾、河虾、草虾等. Marine shrimp 数据库中收录了不同品种的虾，包含了共290397条基因蛋白序列信息。

软体动物门是仅次于节肢动物门的第二大动物门，但在基因组学方面仍然研究较少。随着高质量基因组和多样化功能基因组数据的增加，我们有望加深对软体动物生物学和进化的理解。
为了应对软体动物研究社区在管理庞大多组学资源方面的机遇与挑战，该研究开发了MolluscDB 2.0平台，该平台整合了广泛的功能基因组数据，并提供用户友好的多层次整合与比较分析工具。MolluscDB 2.0涵盖了来自软体动物八个纲的1450个物种，并汇编了约4200个数据集，是目前最全面的软体动物多组学资源。MolluscDB 2.0扩展了多组学数据的层次，包括基因组、整体转录组、单细胞转录组、蛋白质组、表观基因组和宏基因组。此外，MolluscDB 2.0将功能模块和分析工具的数量增加了一倍多，更新了14个原有模块，并新增了20个专门的模块。总体而言，MolluscDB 2.0为软体动物研究社区提供了一个高度有价值的开放访问多组学平台，促进了科学发现，深化了我们对软体动物生物学和进化的理解。

微生物线粒体基因组数据库专注于提供微生物线粒体的相关数据与分析资源。其核心内容是整合了705种微生物的线粒体基因组、编码基因、蛋白质序列以及对应的NR注释信息。为了便于用户进行数据挖掘和深度分析，还集成了近10种生物信息学工具，包括用于可视化基因组关系的Circos图绘制、展示数据模式的热图绘制、分子实验所需的引物设计以及识别重复序列的RepeatMasker等，旨在为微生物线粒体的基因组学与比较研究提供一个集中的数据查询与分析平台。

HelDB是一个集成性的综合数据库，收录了涵盖多种植物和动物基因组的Helitron转座子信息。

目前，大量植物和动物的基因组已完成测序，这为挖掘Helitron数据提供了契机。为了给Helitron的比较研究提供一个有用的资源，开发了一套基于HelitronScanner软件的分析流程，系统地从一个包含375种植物和203种动物基因组的庞大集合中，对Helitron进行鉴定、分类和注释。共识别出1,412,736个Helitron元件，覆盖约12.46 Gb的序列。所有这些数据都被编入HelDB数据库。该数据库提供了浏览、搜索和分析模块，用户可通过友好的网络界面和相关软件探索Helitron元件。资源及相关注释均可方便地下载。此外，嵌入了HelitronScanner工具，以帮助用户在线识别其自有基因组序列中的Helitron元件。

Ocean-M数据库整合了全球多生境、多尺度的海洋微生物多组学数据，汇集了来自全球不同海洋生态系统的57,000余个微生物数据，涵盖宏基因组、宏转录组、宏蛋白质组、宏代谢组等多个层次，样本涵盖了从极地到赤道、从表层到深海的完整生态梯度。通过统一的数据处理和标准化标识符，Ocean-M整合了规模最大的宏基因组（MAGs）数据，包含超过50,000个代表性微生物基因组数据，支持全球范围内微生物群落结构、功能特征及其空间分布的可视化展示。
Ocean-M构建了基于全息组学的生态网络分析框架，整合了微生物群落网络、宿主-微生物组互作及环境DNA数据集，能精确描述查询微生物群落结构、功能特征及其生态位相互关系，实现了生态互作的全维度分析，为生态学研究提供了全新的视角和工具。同时，搭建了“基因组-基因功能-生态偏好”三位一体的系统分析框架，通过大规模的功能基因挖掘，建立了包含百万级功能基因集合，为微生物功能基因的挖掘和生态系统功能解析提供了强有力的支持。

收录整合NCBI,GENE CARD,COSMIC,WHO等数据库中的药物等相关数据信息。能快速检索基因突变与临床肿瘤用药之间的关系及主要功能。

医学数据库收录了miR2Disease、DiseaseMeth、ClinVar等数据库中与人类疾病相关的数据，对于帮助我们提高疾病诊治水平来说具有非常重要的意义。 用户可以通过疾病名称进行搜索、浏览，为用户提供医疗测序、分子诊断以及发现基因型和非临床特性之间的关系等研究数据资料。

质粒数据库（Plasmid Database）基于NCBI收录的天然完整环状质粒构建，通过分析其图谱结构并对质粒进行注释，为用户提供可视化的质粒图谱信息。同时，该数据库提供序列分析功能，能够对用户上传的序列进行质粒类型鉴定、序列结构解析及注释。基于序列相似性分析，上传的序列可与数据库中已知序列进行比对。

互作网络数据库专注于收录包括编码基因、非编码RNA等在内的各类生物分子之间的相互作用关系。该数据库提供强大的搜索功能，支持通过Gene ID、Ensemble ID、LncRNA、miRNA等多种方式快速检索到相应的互作网络；并以清晰易读的形式展示目标分子的ID详情与功能注释。同时，它还具备实用的页面筛选功能，用户可基于网络结果便捷地进行数据筛查，并直接下载所需的互作网络数据。

这是一个专为基因功能研究量身打造的基因搜索引擎，它整合了来自约25个数据库的近1,700万条基因信息，旨在提供可靠的基因查询与分析服务。该工具集具备以下核心功能：拥有强大的搜索能力，支持通过基因名、功能或编号等多种方式精准定位目标基因；提供清晰易读的基因报告，便捷地展示基因的详细信息、序列、功能、表达调控及相关研究进展；并配备了实用的收藏功能，用户可保存重要的基因与序列数据，并能直接对接分析平台进行后续数据处理。

参考基因组数据库是一个不断扩展的、专门用于数据分析的标准化的参考基因组数据库。用户可通过多种方式检索数据库，如：物种中文名、拉丁文名、英文名、分类学编号（Taxonomy ID）、参考基因组编号（该数据库的唯一标识符）、版本等。通过计算方法、人工整理、审查相结合的方式，该数据库不断地收录、整理用户提交的私有参考基因组，以及Ensembl Genome、 NCBI RefSeq、 UCSC Genome Browser、 JGI Genome Portal等公共数据库常用的动物、植物和微生物的参考基因组数据，包括参考基因组序列、注释，参考基因、转录本序列、功能注释等。