宏转录组测序

宏转录组技术介绍

宏转录组学是一门在整体水平上研究某一特定环境、特定时期群体生物全基因组转录情况以及转录调控规律的学科。宏转录组测序可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况,结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。

实验设计到信息分析一站式服务 

提供全面的宏转录组研究的方案设计和售后服务,丰富的标准分析以及个性化分析多角度阐明不同环境下微生物群落的功能和差异机制。

  • 方案确定

  • 提取检测

  • 建库测序

  • 信息分析

  • 售后服务

分析内容

metatran-

技术策略与送样要求

 测序策略

Illumina Hiseq PE150测序

 RNA送样要求

RNA浓度 ≥65ng/μl(Qubit),RNA质量≥6μg(Qubit),RIN≥7.0;28S/18S≥1.0。

产品优势与项目经验

 丰富的项目经验与专业的信息团队,提供最全面准确的信息分析。

高水平分析团队

丰富的项目经验

全面的分析内容

专业的售后服务

物种注释

使用 diamond软件将质控后的高质量测序数据比对到 nr数据库,得到样品的物种组成和相对丰度信息。

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code.faa_.go_

Unigene功能注释

使用 BLAST软件将非冗余基因集的序列与 Swiss-prot、TrEMBL 、GO、COG 、Pfam 和KEGG 数据库比对,了解环境中微生物具有的活性功能。

基因表达量差异分析

基因表达具有时间和空间特异性,在两个不同条件下,表达水平存在显著差异的基因或转录本,称之为差异表达基因(DEG)。

deg
deg-cluster

差异表达基因聚类分析

通过对差异基因进行聚类分析,可以观察各样品在基因表达水平上的差异关系。

差异基因富集分析

对差异基因做功能富集分析,有助于了解微生物对不同环境的响应机制。

deg-enrich
Q1.宏转录组与宏基因组差别?

宏基因组是以环境中所有微生物的DNA为研究对象,宏转录组以环境中所有微生物的RNA为研究对象,宏基因组告诉我们环境中所有微生物能够做什么,而宏转录组告诉我们环境中所有微生物正在做什么。