原核链特异性转录组

基因表达精准研究

原核链特异性转录组服务介绍

原核转录组指的是在特定时间、特定环境条件下，一个原核生物（如细菌、古菌）细胞内所有转录本（RNA）的集合，传统的Northern Blot、RT-qPCR等方法只能研究个别基因。如今，高通量测序技术是研究转录组的绝对主流。

原核转录组学是打开原核生物生命活动“黑箱”的一把关键钥匙。它使我们能够从全局视角，动态地理解细菌如何生存、适应、致病和发挥作用。随着测序技术的不断进步和生物信息学分析方法的日益强大，原核转录组学将继续在基础研究、医学、工业和环境科学等领域发挥不可替代的作用。

原核转录组的独特特征

与原核生物的特殊细胞结构（无核膜）和基因结构密切相关，其转录组具有一些鲜明特点：

基因排列紧凑：基因组中编码区占比高，基因间隔区短，非编码RNA和调控序列需要更精细的分析来识别。

缺乏内含子：基因中没有内含子，因此转录后没有RNA剪接过程，转录本结构相对简单。

转录与翻译偶联：由于没有核膜的物理分隔，mRNA在转录的同时就可以被核糖体结合开始翻译，这使得mRNA的寿命通常很短（几分钟），转录组状态变化非常迅速。

广泛的调控RNA：存在大量sRNA，它们通过与靶标mRNA碱基配对来调控其稳定性或翻译效率，是转录后调控的核心。

多顺反子mRNA：原核生物的一个mRNA分子通常包含多个功能相关的基因（一个操纵子），同时被转录和翻译。这意味着一个启动子的活性可以同时影响多个基因的表达。

产品优势

优势一

超高的RNA提取成功率：范本级样品制备流程，样本处理经验丰富，实验成功率高；

优势二

构建链特异性文库，数据质量高，表达定量和结构分析更准确：采用链特异性建库，承诺有效数据量，保证数据分析的可靠性；

优势三

分析内容丰富，除了基础的mRNA分析，还增加了非编码的分析，内容全面；

优势四

云分析，小工具操作简便实用性强。

工作流程

建库测序

使用RiboCop rRNA Depletion Kit for Mixed Bacterial Samples（lexogen，USA）去除rRNA，将mRNA随机断裂成200bp左右的小片段，以mRNA为模板，利用随机引物反转录合成双链cDNA。在合成cDNA第二链时，用dUTP代替dTTP进行合成，合成的双链cDNA加入End Repair Mix将其补成平末端，5’端磷酸化，3’末端加上一个A碱基，连接Y字形测序接头。然后用UNG酶消除含有dUTP的cDNA第二链，从而使文库中只包含cDNA的第一链。使用Illumina（San Diego，CA）的Illumina® Stranded mRNA Prep, Ligation进行RNA文库构建。使用illumina测序仪（NovaSeq6000或其他新机型）进行RNA-seq双端测序。