CircSplice软件可变剪切实现原理

CircSplice软件可变剪切实现原理

(1) 通过STAR比对至参考基因组序列，得到chimeric reads；

(2) 保留那些比对上同一染色体和链的chimeric reads，通过CIGAR值判断reads的坐标；

(3) 识别BSJ，去除另一端落在供体和受体位点之外的reads，以确保另一端也来自circRNA；

(4) 通过剪切位点GT-AG或者CT-AC对BSJ进行过滤和识别；

(5) 对BSJ进行基因注释；

(6) 将BSJ和其另一端reads比对到基因的外显子或内含子，结合基因注释进行4种剪切类型的判断。允许2bp容错。另外要求代表剪切的read的junction一端坐标与注释外显子的一端坐标一致，以减少假阳性预测；

(7) 通过GT-AG或CT-AC原则对可变剪切事件进行过滤；

(8) 计算可变剪接事件的reads数，并进行标准化（支持可变剪切的reads数*106/总chimeric reads数）；

(9) 根据坐标融合不同样本的剪切事件，比较样本间的环状RNA剪切事件；允许2bp容错；