分类: 转录组测序

(1)常规转录组分析使用的ID都是基因组配套GFF文件中第三列为“gene”的行中,第九列的“ID=”的编号,一般很少有基因组会使用name作为基因的ID(因为多拷贝的存在,不同位置的基因name相同,作为ID分析会出错),所以如果要找基因的name,需要到基因组配套的GFF文件中查找,研究的比较多的物种,一般都会在GFF里标明基因的name。

(2)对于基因组GFF文件中标明了基因name的物种,百迈客分析结果中有一个总文件“ref_trans_full_table.xls”,该文件中第二列标记了基因的name。同时,在云品台上,用个性化工具也可以进行检索(云平台上检索用的是上面提到的总文件)

(3)如果基因组GFF文件中没有name的话,是没有办法直接获取到name的,需要的话,可以使用基因name标注完善的物种(推荐模式物种),对研究的物种通过blast寻找同源蛋白的方式进行name的对应(原理同功能注释)

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