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百迈客云隆重向大家介绍-交互式分析绘图功能!数据可视化是数据分析重要环节!随着研究的不断深入,分析静态图不能满足客户的需求。为此,百迈客云近年陆续推出了多款APP的可视化交互功能,涵盖单细胞、转录组、微生物组及代谢与多组学等,进一步为科研提效!快来体验!新客户可以搜索“百迈客云”,按如下步骤注册免费体验哦:

下面将对这些功能的应用场景进行逐一介绍(配有GIF动图):

01、单细胞和空间转录组

百迈客单细胞转录组线上分析拥有30+种基本分析,20+种个性化分析,空间转录组拥有近20种基本分析,近20种个性化分析。在这里,展示4款交互式个性化:

1.1、细胞聚类交互图

筛选到有效细胞后,可以基于细胞的基因表达矩阵,进行细胞聚类分析。细胞聚类交互图可展示UMAP/TSNE图,调整点的大小,点配色,文字等交互图样式可自定义,具体见下图及图中的描述。

图1.1 单细胞_胞聚类交互图

1.2、基金检索交互

做完细胞聚类cluster之间的差异基因分析,可快速通过基因分布图,小提琴图,点图查看基因在各个cluster的表达情况,还可实现手动注释cluster。

图1.2 单细胞_基因检索交互结果图

做完细胞聚类cluster之间的差异基因分析后,可通过火山图查看基因的表达情况。可查看火山图中点对应的基因,样式可自定义。

图1.3 单细胞_火山图交互

1.4、ROI交互分析

空间转录组的客户,可根据组织聚类图,结合影像学和研究目的,自主选择感兴趣区域(ROI,region of interesting),查看区域之间的基因表达情况,从而获得更典型的对比结果。

图1.4 空间_ROI交互分析

02、转录组、代谢多组学

百迈客有参转录组线上分析共拥有30+种基本分析,30+种个性化分析。非靶代谢共有20+种基本分析,30+种个性化分析,且支持多组学之间的联合分析(如:代谢与转录组、代谢与微生物组等)。在这里,展示4款交互式个性化:

2.1、韦恩图交互

通常会对差异的基因/物质做简单的韦恩图绘制,也可以对总体的基因/物质进行绘图。交互韦恩图的功能非常灵活,2-5个分组自动绘制韦恩图,5-32个自动为花瓣图,支持经典韦恩图、齿轮图的更换,还支持数字点击进行下级数据的二次筛选交互。

图2.1 交互式韦恩图

2.2、交互式火山图

火山图(Volcano Plot)可以快速地查看基因/物质在两个(组)样品中表达水平的差异。火山图的交互式支持自定义展示一定数目的重点差异基因,还支持支持选择重点差异基因进行数据筛选,进行二次数据处理。

图2.2 交互式火山图

2.3、交互式气泡图

气泡图是富集分析后的重要展示手段,交互气泡图常用于GO和KEGG气泡图,支持Pvalue/Qvalue以及rich_factor/GeneRatio的自由切换,支持图片选择重点富集通路进行数据筛选,进行二次数据处理。

图2.3 交互式气泡图

2.4、交互式网络图

网络图也是获取差异基因/物质后的重要分析方法,如:蛋白互作图,该交互功能主要包括以下几点:

1、可对的节点和连线进行颜色、形状、大小的调整

2、支持筛选重点基因之间的子网络和相关网络

3、可改变网络图的布局,包括对称、居中、环形等

4、支持点击图片进行数据的二次筛选,循环进行数据绘图

图2.4 交互式网络图

03、微生物组

百迈客微生物多样性(扩增子)线上分析共拥有20+种基本分析,40+种个性化分析;宏基因组线上分析共拥有20+种基本分析,30+种个性化分析。在这里,展示3款交互式个性化:

3.1、物种分布交互图

在获取完物种注释信息后,物种分布图常常是常用、直观的一直展示方式。交互图支持自定义样式、自定义坐标、自定义排序、隐藏物种等。

图3.1 微生物_物种分布图

3.2、Alpha多样性箱线交互图

Alpha多样性用来反映单个样本的物种丰富度和多样性,可同时做组间差异分析,支持全图自定义、线图/小提琴图切换、差异p值或*的体现等。

图3.2 Alpha多样性箱线交互图

3.3、Beta多样性降维聚类图

Beta多样性主要用来反映样本间的物种多样性相似情况,在获得Beta多样性距离矩阵后,就可以用多种降维聚类方式进行自定义图形化展示。除常规交互外,还可自定义是否添加置信椭圆、组间连线。

图3.3 Beta多样性PCA图

04、活度超高的小工具

个性化如还不能满足数据挖掘需求,或有额外的数据要合并分析时,更灵活的小工具就该出场了!目前百迈客有超过50个小工具,带交互功能的小工具有7个。下面也展示4个常用的图形类型:

4.1、交互式柱状图小工具

一次绘图,多图自由转换。排列柱状图、堆叠柱状图、排列点线图、堆叠点线图、3D柱状图等互相自由切换。同时,只需点击下legend图例,即可取消掉过多的展示项,从而达到重新绘制的目的。滚动下鼠标,即可隐藏过多的样品展示。

图4.1 (a)和(b) 小工具_交互式柱状图动态展示

4.2、交互式箱线图小工具

类同于柱状图的交互效果,还支持转换为小提琴图,鼠标悬空放置,显示箱线图最大值、最小值、中位值,两个四分位数等指标数值。

图4.2 小工具_交互式箱线图动态展示

4.3、交互式聚类热图小工具

传统聚类图常用的参数均支持(如:横列是否聚类等),同时鼠标悬空放置单元格上会显示对应的源数据信息,还支持相关性热图绘制。

图4.3 小工具_交互式聚类热图动态展示

4.4、交互式散点图

除常用的交互功能外,还支持切换为气泡图、曼哈顿图、3D散点图,组别支持置信椭圆绘制。

图4.4 小工具_交互式散点图

05、实战演练

首先,以小工具里的交互式散点图为例,进行操作步骤的图文介绍:

详细请复制本链接到PC端体验:

https://international.biocloud.net/zh/software/tools/detail/small
其次,以代谢组分析平台的个性化分析PCoA图为例,进行操作步骤的视频介绍:

详细请复制本链接到PC端体验各大APP:

https://international.biocloud.net/zh/software/agriculture/list

https://international.biocloud.net/zh/software/medical/list
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