BSTViewer_v3.0软件安装图文教程

操作步骤

1）将官网下载到的BSTViewer_project文件夹数据（或者通过运行BSTMatrix 得到的BSTViewer_project 文件夹）存放到英文命名的文件夹之中；【包括各个级别分辨率矩阵文件，及BMChiper 或者官网下载的HE 染色图片】可以同时在此文件夹下边新建一个outdir 作为文件输出路径；

2）运行“BSTViewer V3.0正式版-WIN-64\BSTViewer V3.0正式版\bin”目录下的BSTViewer，点击“创建项目”创建任务，选择1）中的文件夹outdir；

3）导入HE图片和矩阵文件。导入的HE图片可以通过鼠标左键进行移动，滚轮可对图片进行缩放；

4）进行ROI 创建。点击“ROI”按钮，此处可以选择全局聚类和部分区域聚类。cont和conts-all分别代表在全局下聚类与全局扣除空白区域聚类。区域聚类的话目前提供了“框选模式”和“矩形框选”两种模式。框选合适的区域后点击“结束一次选取”，选择“保存或抠除”，完成之后点击“保存ROI组”并命名即可；

5）点击“Clustering”，选取自己感兴趣的分辨率，和适当的参数，然后点击“启动聚类”；

LEVEL选择：不同等级分辨率

最小基因数：当单个spot中基因数少于这个数目则会被自动过滤掉；

最小spot组数：单个基因需要表达的spot数，少于这个数目该基因会被过滤掉；

RESOLUTION：聚类丰富度值，该数值越高cluster种类越多，推荐在0.5附近调整。

6）最后得到框选到的感兴趣区域的聚类结果，点击“ROI”切换为“浏览模式”可以通

过鼠标滚轮进行缩放，查看结果；

7）聚类图片可以在TOOLS栏中进行保存。点击图画模式可以选择“仅保存HE”和“HE＆Cluster”分别进行保存。

结果路径

1）cluster聚类结果保存在“outdir文件夹”中的“cluster”中。包含cluster聚类图片、barcode信息、UMAP、tSNE聚类结果。

2）聚类过程中保存的HE图片和cluster聚类图片保存在“imgs”文件夹中。

3）选择的区域聚类的矩阵文件保存在“subdata”文件夹中