FFPE空间转录组4篇文献应用案例 |

发布于 2022年4月7日

全新的Visium FFPE空间基因表达解决方案，可以突破过去从FFPE组织中获取空间全转录组基因表达信息的障碍。文无第一，武无第二，科研界亦是如此，天下武功唯快不破，想要在石蜡样本空间转录组研究抢占先机，就得首先判断自己的武器材料质量是否合格，今天就为您提供4篇前沿FFPE空间文献，一起来围观大牛都是如何解决石蜡样本难题玩转FFPE空间转录组的。

文献一：FFPE空间转录组在肾透明细胞癌中的研究

文章题目：Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer

发表时间：2022年3月

发表期刊：Immunity

影响因子：31.428

发表单位：法国索邦大学Cordeliers研究院

摘要：肿瘤内三级淋巴结构(TLS)的存在与阳性临床结果和免疫治疗癌症的反应相关。本文针对肾透明细胞作为研究对象，采用12个冷冻切片空间转录组和12个FFPE切片空间转录组检测肾细胞癌(RCC) TLS中b细胞应答的本质。在TLS中B细胞大量富集，可以识别所有B细胞向浆细胞(PC)形成的成熟阶段。BCR分析显示TLS中的克隆多样化、选择、扩展，并存在完全成熟的克隆型。在TLS+肿瘤中，产生IgG和iga的pc沿着成纤维细胞的轨迹播散到肿瘤床中。TLS+肿瘤显示出高频率的产生igg的pc和igg染色和凋亡的恶性细胞，提示其具有抗肿瘤效应。在接受免疫检查点抑制剂治疗的RCC患者中，治疗反应和无进展生存期与igg染色的肿瘤细胞相关。因此，瘤内TLS可能通过直接抗肿瘤作用，维持与免疫治疗反应相关的B细胞成熟和抗体产生。让珍稀的石蜡样本获取空间全转录组基因表达信息成为可能，加快大量临床珍贵FFPE样本的临床研究转化。

FFPE空间转录组解析肾细胞癌(RCC) TLS中b细胞应答的机制[1]

文献二：FFPE空间转录组揭示人肺组织感染 SARS-CoV-2空间共定位

文章题目：Dual spatially resolved transcriptomics for SARS-CoV-2 host-pathogencolocalization studies in humans

发表时间：2022年3月，bioRxiv

发表单位：瑞典斯德哥尔摩SciLifeLab KTH 皇家理工学院基因技术系

摘要：关于宿主如何对病原体作出反应以及病原体感染如何成为各种生物过程和疾病状态的基础，仍有很多未知之处。为了促进对细胞宿主-病原体在空间分子相互作用的理解，促进共同捕获宿主和病原体空间转录组信息的技术，本文利用FFPE空间转录组技术从感染新冠病毒人肺石蜡包埋 (FFPE) 13个组织切片中捕获宿主和病原体空间基因表达，验证了对 SARS-CoV-2 的空间检测，与 RNAScope 相比，平均特异性为 94.92%，与原位相比，平均特异性为 82.20%测序（ISS）。COVID-19 组织表现出宿主免疫反应的上调，例如炎性细胞因子、淋巴细胞和成纤维细胞标志物的表达增加。共定位分析表明，SARS-CoV-2 +斑点呈现出宿主 RNA 代谢、自噬、NFκB 和干扰素反应途径的变化。该方法的未来应用将通过同时、无偏见地检测两个转录组，对宿主对病原体感染的反应提供新的见解。

FFPE空间转录组解析人肺感染SARS-CoV-2 空间共定位新机制[2]

文献三：FFPE空间转录组在小鼠主动脉中的研究

文章题目：Spatial transcriptome sequencing of FFPE tissues at cellular level

发表时间：2020年10月，bioRxiv

发表单位：耶鲁大学生物医学工程系

摘要：福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织是临床组织库中可存档的标本最丰富的，但不幸的是，由于储存过程中RNA降解，提取过程中RNA损伤，与单细胞水平的全转录组测序不一致。利用FFPE空间转录组测序技术检测一个E10.5小鼠胚胎的空间转录组识别了大脑和腹部区域的所有主要解剖特征、成年小鼠的主动脉、心房和心室组织空间基因表达特征。在细胞水平上对FFPE样本进行空间转录组测序可能会在广泛的生物医学研究中提供巨大的机会。促进了利用临床组织标本的巨大资源来研究人类疾病机制，并发现组织生物标志物或治疗靶点。

FFPE空间转录组解析小鼠胚胎时空图谱[3]

文献四：FFPE空间转录组在卵巢癌肉瘤中的研究

文章题目：Genome-wide Spatial Expression Profiling in FFPE Tissues

发表时间：2020年7月，bioRxiv

发表单位：瑞典KTH皇家理工学院

摘要：福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 是最普遍的长期组织保存方法。本文利用FFPE空间转录组组测序检测在小鼠大脑的冠状切片中进行了表达谱分析和细胞类型映射，以展示该方法从分子角度描绘解剖区域的能力，并探索了卵巢癌肉瘤样本中转录组特征的空间基因表达特征，组织形态主要是癌和肉瘤细胞的异质混合物，散布着脂肪小叶以及免疫细胞浸润、脉管系统和一些分散的沙粒体的存在，空间揭示肿瘤的癌变部位为高级别浆液性癌，呈高细胞密度巢状形态，由于乳头融合，有许多不规则的狭缝状空间，肉瘤成分的特征是具有增加的核异型性的纤维梭形细胞，以及肿瘤浸润脂肪组织的全景空间表达分子图谱。

FFPE空间转录组解析卵巢癌肉瘤免疫浸润过程[4]

FFPE（石蜡样本）材料一般固定在4%-10%的福尔马林溶液中，固定的时间不宜超过24h，时间太久容易造成RNA降解。石蜡包埋后可以保存在-80度，但是这个过程中RNA往往会发生降解，所以需要对样本进行严格质检流程，目前来说FFPE空间转录组测序样本需要进行RNA提取DV200检测、粘附性测试2个主要质检环节。FFPE空间转录组质控标准如下：

DV200≥50%：FFPE样本RNA提取专用试剂盒提取后，DV200检测表示大于200个核苷酸的RNA片段占所有RNA片段的百分比，表明RNA没有片段化严重，降解程度较轻。

RNA完整性较高：

组织粘附性高：石蜡样本容易脱片，需要在Test玻片上贴片测试组织的粘附性，组织粘附性高时，实验成功率更高。

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参考文献：

[1] Meylan M, Petitprez F, Becht E, et al., Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer. Immunity. 2022 Mar 8;55(3):527-541.e5.

[2] Dual spatially resolved transcriptomics for SARS-CoV-2 host-pathogen colocalization studies in humans. bioRxiv, 2022，doi：https ://doi.org/10.1101/2022.03.14.484288

[3] Spatial transcriptome sequencing of FFPE tissues at cellular level. bioRxiv，2020，doi: https://doi.org/10.1101/2020.10.13.338475

[4] Genome-wide Spatial Expression Profiling in FFPE Tissues. bioRxiv，2020，doi：https ://doi.org/10.1101/2020.07.24.219758