分类: 基因组测序

2021年8月,基因组调研图(survey)分析正式入驻百迈客云平台!
简单几步,告别码农!

调研图分析背景介绍

一个物种基因组组装质量的好坏,其中一个重要指标就是看组装的大小是否符合这个物种的预估值。偏大可能是存在冗余,需要进行片段取舍;若偏小,可能是组装的片段缺失;无论哪种都不利于后续基因组的应用。而预估物种基因组大小的主流方法有两种:①流式细胞仪测定DNA含量;②基于测序片段统计计算基因组大小,也就是Survey调研图分析。survey以二代测序技术为基础,基于小片段文库进行低深度测序,通过K-mer分析,快速获得基因组大小、杂合度、重复序列比例等基本信息。为制定该物种的全基因组de novo测序策略提供有效依据。原理详见往期介绍:什么是基因组Survey?为什么要做基因组Survey?

Ranallo-Benavidez T et al., Nature Communications. 2020
       流式技术测定结果依赖于内参物种准确性,且难以预判物种复杂程度;Survey的判断则受到主峰选择的干扰。两种方法各有利弊,因此在预估基因组大小时往往会结合进行判断,将物种大小锁定在一定的范围内。
       但仅知道物种大小是远远不够的,现在为了完成更高质量基因组组装通常需要选择不同类型的材料。例如为了构建0 Gap的高连续性基因组,会选择超高纯合度的材料(通过自交纯合或是花药培养等)来降低组装中的障碍。亦或是为了完成二倍体基因组双单倍体的组装,选择超高杂合度的材料(例如远缘杂交或是野生材料筛选等)来增加基因组中同源对的差异,从而进行区分与组装。
       因而,能够判断物种基因序列差异程度(杂合度)的Survey在基因组研究中就显得尤为重要。但是survey需要通过一定的生信手段进行数学统计才可完成分析,需要课题组有一定的计算资源与人员配置。百迈客调研图云分析app在无需生信基础,无需资源配置的情况下,仅需一个百迈客云平台账号,简单几步鼠标操作即可完成survey分析。

基因组调研图分析平台介绍

(1)从百迈客官方云平台登录即可找到基因组调研图分析平台APP界面。百迈客云平台网址:http://www.biocloud.net/

 

(2)分析过程简单易上手,从数据上传到参数设置,只需要简单4步即可完成项目数据投递和分析;
a.支持二代双端测序数据,且数据不限来源:百迈客项目直接推送、非百迈客项目可自主上传(注:调研图分析数据深度宜在50X左右)。
b.为了更好区分所分析项目,可自主填写报告名称和物种拉丁名(选填)。动植物材料选取过程中易受到微生物或其他生物污染,因此通过选择分析物种所在类别,进行应数据库比对判断污染情况。物种污染程度为材料可用性提供重要依据。
c. 背景信息填写(选填):调研图分析会拟合多种分析结果,近缘物种大小\项目物种流式大小以及预估物种倍性的填写,可辅助调研图判断最佳分析结果。针对前期背景信息未知情况,APP将根据峰型拟合情况,挑选最适结果。无论填写与否,质控报告中均会提供全部拟合结果供使用者挑选。
d.质体的存在会影响基因组评估的准确性,可通过选择是否过滤来进行不同处理。
(3)结题报告云交付
分析完成即可在线查看项目结题报告与数据质控报告。报告将对整体数据质量、污染评估、基因组特征、使用软件版本等进行详细描述。具体可见下图右部目录。

平台使用小结

整体分析人工操作用时不超1分钟,最快仅需2步即可开始运行。报告清晰详实。基因组调研图分析平台的上线使得生信分析更简单便捷。
后续将陆续开放基因组组装注释APP、比较基因组分析APP以及其他个性化分析工具,更多详情敬请期待!
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