百迈客基因组调研图云分析APP强势来袭！ |

发布于 2021年8月30日

2021年8月，基因组调研图（survey）分析正式入驻百迈客云平台！
简单几步，告别码农！

调研图分析背景介绍

一个物种基因组组装质量的好坏，其中一个重要指标就是看组装的大小是否符合这个物种的预估值。偏大可能是存在冗余，需要进行片段取舍；若偏小，可能是组装的片段缺失；无论哪种都不利于后续基因组的应用。而预估物种基因组大小的主流方法有两种：①流式细胞仪测定DNA含量；②基于测序片段统计计算基因组大小，也就是Survey调研图分析。survey以二代测序技术为基础，基于小片段文库进行低深度测序，通过K-mer分析，快速获得基因组大小、杂合度、重复序列比例等基本信息。为制定该物种的全基因组de novo测序策略提供有效依据。原理详见往期介绍:什么是基因组Survey？为什么要做基因组Survey？

Ranallo-Benavidez T et al., Nature Communications. 2020

流式技术测定结果依赖于内参物种准确性，且难以预判物种复杂程度；Survey的判断则受到主峰选择的干扰。两种方法各有利弊，因此在预估基因组大小时往往会结合进行判断，将物种大小锁定在一定的范围内。

但仅知道物种大小是远远不够的，现在为了完成更高质量基因组组装通常需要选择不同类型的材料。例如为了构建0 Gap的高连续性基因组，会选择超高纯合度的材料（通过自交纯合或是花药培养等）来降低组装中的障碍。亦或是为了完成二倍体基因组双单倍体的组装，选择超高杂合度的材料（例如远缘杂交或是野生材料筛选等）来增加基因组中同源对的差异，从而进行区分与组装。

因而，能够判断物种基因序列差异程度（杂合度）的Survey在基因组研究中就显得尤为重要。但是survey需要通过一定的生信手段进行数学统计才可完成分析，需要课题组有一定的计算资源与人员配置。百迈客调研图云分析app在无需生信基础，无需资源配置的情况下，仅需一个百迈客云平台账号，简单几步鼠标操作即可完成survey分析。