想系统学习全基因组重测序常规分析方法!

想了解重测序在实践中的应用!

应各位老师需求,百迈客特开办重测序生信课程,面向全体科研工作者,系统学习全基因组重测序中常规分析内容。课程设计覆盖数据质控、序列比对、SNP Calling、SNP 注释、结构变异等重测序常见分析内容。

课程亮点:

1、丰富齐全的学习文档,每一步骤每一代码详细列出

2、课上课下均可独立操作的专门服务器

3、理论与实操相结合,系统学习遗传进化课程

4、免费且长期的售后答疑群,保障学员课下学习

5、讲师团队专注于动植物领域5年以上,具有丰富的项目经验和培训经验

为了让大家更系统了解本次培训班的相关内容,现将部分教授内容展示如下:

数据质控

测序数据的质量直接决定了数据分析的质量及可靠性。低质量的测序数据往往导致分析结果出现异常或者分析结果中包含过多的假阳性假阴性结果。利用FastQC可以快速实现对大量测序数据的质量评估并生成分析结果报告。分析的指标完善,同时可以生成可视化的图形报告,数据质量结果一目了然。

SNP Calling

GATK全称是The Genome Analysis Toolkit,是Broad Institute(The Broad Institute, formerly the Broad Institute of MIT and Harvard, evolved from a decade of research collaborations among MIT and Harvard scientists.)开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具,主要注重与变异的查找,基因分型且对于数据质量保证高度重视。GATK是目前业内最权威、使用最广的基因数据变异检测工具。本次课程基于GATK的Best Practices,实现从原始的比对结果开始,到最终的高质量突变位点的完整信息分析流程。

SNP 注释

SnpEff 软件通过基因组结构注释数据(GTF/GFF文件),对VCF文件中的SNP/InDel信息进行注释,即主要解释了SNP/InDel是否能够对编码蛋白基因造成影响。SnpEff自带大量已经发表的基因组的信息,可以快速利用已发表的基因组信息进行SNP/InDel位点的注释分析。对于未收录的基因组,SnpEff也提供了标准流程来构建对应的分析数据库。

结构变异

高通量测序数据除了可以分析SNP/InDel位点外,还可以利用双端测序的中的插入片段长度信息和比对时出现的异常比对结果,对测序样本中可能存在的结构变异进行分析。本次课程主要利用BreakDancer这款软件进行结构变异位点的分析,软件主要预测了五种类型的结构变异:插入、缺失、倒位、染色体间和染色体内易位,

课程内容列表

购课方式:(会员卡及单独购买课程选择即可)

若购买多个生信课程,我们还有更多优惠:

2021百迈客云课堂会员卡制

普通会员:任选4个生信课程,

6000元/年

银牌会员:任选6个生信课程,

8000元/年

金牌会员:任选10个生信课程,

11000元/年

铂金会员:任选13个生信课程,

13000元/年

会员权益:
1、包含云收费视频包:百迈客云课堂现有价值近6千的收费课程免费看(除以上生信课程外)
2、不限次直播课程:所选课程对应1年的直播观看权限,观看直播不限次
3、线下活动:会员线下活动每年至少一次,活动不仅有专家、有美食、有美酒同时还有美景与技术牛
4、金牌、铂金会员另赠送百迈客第八届全国功能基因组学峰会门票(峰会为>500人会议,现已举办7届,每届均有院士大牛参加,收获绝对多)
5、收费工具免费用:生信课程中同样分析可选择代码或在线工具实现,其中收费在线工具可有3个月免费使用权
6、购课折扣:超过会员卡内的课程,每增加一个可享7折优惠

最近文章