heat map图怎么做?不会编程也能自己绘制heatmap!

做转录组测序的客户经常需要把自己关注的功能或通路相关的基因绘制heatmap热图,或者不满意公司提供的红红绿绿的heatmap图。如果您想通过R语言包等绘制heatmap图,可以看一下我们前面分享的画图专题|热图函数pheatamp()。

heat map图怎么做?对于一看代码就头疼的,只好另辟蹊径。今天,给大家介绍一个不需要编程基础,甚至不需要下载软件的在线热图绘制工具。

1、小编首推的还是百迈客的云平台小工具,简单易用。

小工具网址:

https://international.biocloud.net/zh/software/tools/detail/small/305

输入文件示例:

可选的配色方案也比较多,基本能满足我们的需求:

软件输出结果示例:

2、百迈客云平台绘图工具包中的热图工具

https://console.biocloud.net/static/index.html#/drawtools/intoDrawTools/heatmap/input

输入文件与设置同上一个工具类似,只是其配色支持自定义,且支持预览:

预览效果图满意后,即可下载绘图结果:

3、heat map图怎么做?推荐第三个方法:安装软件HemI。

该软件下载地址:http://hemi.biocuckoo.org/down.php,即可下载安装包(HemI_windows_1_0_win32_x64)和使用说明书。

A: 列标题。B: 行标题。C: 行聚类效果。D: 列聚类效果。E: 颜色标尺。F: 画布大小(像素)。G: A (顶部)/D (底部) 的高度和B (左侧)/C (右侧)的宽度。(像素)

H: 对横纵坐标标题(行标题,列标题)的设置,包括位置、字体。

I: 是否对行/列进行聚类。

J: 旋转设置, X-axis:列标题文字的旋转角度(A), Y-axis: 行标题文字的旋转角度(B),

Graph: 画布的旋转角度(例如,旋转90°,将横纵坐标切换)。

K: 设置heatmap的色系。

L: 各项命令。无论您更改了什么设置,需要点击“REFRESH”按钮才会生效。

也就是您可以每更新完一项参数,都可以REFRESH后看效果,效果满意后即可下载。

点击L框中的LOAD按钮即可打开要生成heatmap的文件,excel格式也可以。X-axis title是选择横轴坐标对应到输入文件的哪一行,选择auto select自动选择矩阵数据。

点击K框中的set按钮,可以自定义颜色(旧版是customized)。

定义颜色标尺连续或不连续,右键Set up bar;Set up statistic: 设置绘制此热图使用到的数学上的属性(归一化和聚类方法),一般二代数据选择对数归一化方式。

 

该软件还可以设置热图到边距的距离,相当于调整行列的宽度,大家可以自行摸索下,简单易用。

 

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