转录组测序(Transcriptome Sequencing)是指对转录产物mRNA进行高通量测序,能同时获得特定组织、器官在某一状态下的转录本结构和转录丰度两部分信息,既可以研究疾病相关基因结构变异,又可以挖掘差异表达基因继而分析疾病特异信号通路。
    基因表达谱是一种用数字化信号反映基因的表达量的技术,能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。基于比对上的数据进行一系列的生物信息学分析,定量基因表达水平,进而识别不同样品(或样品组)之间显著差异表达的基因;通过对差异表达基因的功能注释和功能富集分析,为生物学研究提供分子水平依据。

产品名称

转录组测序                     表达谱测序

样品要求

RNA3µgRNA样品浓度50ng/µl

适用情况

真核物种

测序策略

Hiseq测序平台

推荐数据量

6/8/10/12G                      10M reads

分析内容

与参考基因组比对分析

基因结构分析

新基因分析

RNA-Seq整体质量评估

重复相关性检测(有生物学重复)

基因表达量分析

基因差异表达分析

差异表达基因的功能注释及富集分析(GO/KEGG

差异表达基因蛋白互作网络

DEU分析(需生物学重复)

与参考基因组比对分析

表达谱文库质量评估 

重复相关性检测(有生物学重复)

基因表达量分析

基因差异表达分析

差异表达基因的功能注释及富集分析(GO/KEGG

差异表达基因蛋白互作网络

 

项目周期

         45天                      40

1、致癌融合蛋白EWS-FLT1 是调节可变剪接的网络中心
Oncogenic fusion protein EWS-FLI1 is a network hub that regulates alternative splicing. Proceedings of the National Academy of Sciences.
    文章通过RNA-seq 分析了EWS-FLI1(尤因肉瘤肿瘤蛋白)在基因转录调控过程的影响,发现调节肿瘤形成的基因如CLK1,CASP3, PPFIBP1 和TERT 受EWS-FLT1 影响发生可变剪接。在WT 细胞中可变剪接外显子跳跃占53%。EWS-FLI1 降解组或者YK-4-279 处理组接近48.5%。内含子保留分别为10%、17.5% 和18%。WT组相比于ΔEF 组,CLK 基因(在4 号外显子位置发生跳跃)的可变剪切百分比(PSI)由85% 降低到52%,RT-PCR 结果由86% 降低到69%,CASP3(在2 号外显子位置发生跳跃)和PPFOBP1(19 号外显子位置发生跳跃)基因的PSI 也有不同程度下降。

 

2、肾上腺库兴氏综合征中L205R突变PRKACA基因热区
Activating Hotspot L205R Mutation in PRKACA and Adrenal Cushing’s Syndrome.  Science.
    文章采用外显子组测序与转录组测序联合分析方法,对49 例肾上腺皮质瘤引发库欣综合症的肿瘤组织及外周血对照进行了外显子组测序,对44 例进行了转录组测序。转录组测序在PRKACA 突变与非突变的样本间发现了232 个差异表达基因,主要与类固醇代谢和化学刺激反应相关,同时参与这两个过程的StAR、MC2R、GSTA1、CXCL2 及S100A8/9 在PRKACA 突变样本中上调最明显,已有研究表明这些基因参与肿瘤增殖及类固醇生成。PRKACA 突变通过激活PKA 磷酸化进而上调StAR 等基因,促进肿瘤发生及类固醇生成,可能是导致库欣综合症的重要因素。

 

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