分类： 时空组学, 智能制造
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【百创智造S3000空间单细胞分割实测数据】

物种信息：小鼠

测序策略：Illumina PE150

分析软件点击下载>>：BSTMatrix

参考基因组版本：GRCm38_release95

Demo数据点击下载>>：百创S3000空间转录芯片鼠脑Demo数据

【实测数据分析结果概览】

细胞分割结果

Type Number of Cells Median Genes per Cells Median UMI Counts per Cells Total Genes Detected
Value 94020 1999 3892 37080

基于细胞分割的聚类结果

数据情况

Type Number Percent(%)
Number of Reads 1,647,163,344
Valid Barcodes 1,518,333,646 92.18
Valid UMIs 1,634,484,110 99.23
Final Valid Reads 1,517,476,104 92.13

比对概览

Type Percent(%)
Reads Mapped to Genome 98.14%
Reads Mapped Confidently to Genome 87.4%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 3.36%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions 3.94%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions 80.1%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome 80.15%

饱和度

Tpyes Sequencing Saturation Fraction Reads in Spots Under Tissue
Values 68.67% 92.07%

多级分辨率结果

Level L18

(100μm)

 L9

(50μm)

 L7

(36μm)

 L6

(30μm)

 L5

(24μm)

 L4

(18μm)

 L3

(12μm)

 L2

(6μm)

 L1

(3.5μm)
Number of

SupSpots

 3,535 14,971 25,592 35,712 53,277 87,809 170,996 464,159 2,622,153
Median Genes

 per SupSpot

 11,007 6,244 4,654 3,793 2,909 2,026 1,198 510 107
Median UMI Counts per SupSpot 99,970 23,612 13,799 9,867 6,608 3,990 2,034 742 130
Total Genes Detected 37,152 37,154 37,162 37,163 37,157 37,161 37,163 37,165 37,165

基于BIN的部分多级聚类结果

百创S3000脑数据与某平台数据Demo比较

百创S3000空间转录芯片

百创空间转录组以原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序，“三片合一”实现精准的细胞分割，将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域。

本着持续创新，深耕时空领域的决心，经过又潜心研发，百创智造于2024年3月27日在山东青岛正式发布了百创S3000空间转录组芯片，让空间组学的性能再进一步。

百创S3000在6.8mm*6.8mm的捕获区域内铺设了4,144,770个捕获位点，相邻两个捕获位点的中心距为3.5μm。

相较于现在广受市场认可与好评的百创S1000转录组芯片，捕获位点数提升近2倍，分辨率同样提升近2倍

在相同的测序饱和度下，单细胞级别分辨率下中位UMI提升了30%~70%，中位基因数提升30%-60%。

 

如果您对百创S3000技术感兴趣，欢迎联系我们

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