转录组代谢组联合分析

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转录组代谢组联合分析一、转录组云平台个性化可视化交互

整体层面分析样本间/组间差异：PCA分析、相关性分析、WGCNA分析、聚类热图等

差异层面分析比较组差异基因：

1、差异基因筛选: 差异火山图，聚类热图、韦恩图、WGCNA、共表达趋势（K-Means）；

2、差异功能基因挖掘：差异基因功能注释和富集分析（COG、GO、KEGG等）、GSEA（有生物意义，无显著性）、蛋白互作、转录因子预测

此外，百迈客提供个性化可视化交互—50+个性化功能+图片交互（字体及配色调整、布局变换、数据筛选等），数据挖掘一网打尽；一站式科研服务—操作简单，85%可视化交互覆盖率，分析不限时不限次；光速周期—常规分析1min，分析结果极速可得！

转录组代谢组联合分析二、代谢组云平台个性化全面覆盖

整体层面分析样本间/组间差异：PCA分析、相关性分析、OPLS-DA分析、WGCNA分析、Kmeans聚类分析（代谢物）等

差异层面分析比较组差异代谢物：

1、差异代谢物筛选:差异火山图，聚类热图、韦恩图；

2、差异代谢物功能挖掘：差异代谢物能注释和富集分析（COG、KEGG）、富集弦图、ipath；

转录组代谢组联合分析三、代谢组云平台—多种联合分析任你搭配

整体层面分析转录组与代谢组数据的相关性：PCA分析、O2PLS分析、WGCNA

差异层面获得共表达的差异基因和差异代谢物：

1、差异基因和差异代谢物KEGG通路分析：KEGG通路比较分析（韦恩图，富集）、KEGG通路可视化、Ipath 整合分析

2、、转录组和代谢组相关性分析：九象限图、相关性热图和玄图、相关性网络热图、相关性网络图、典型相关分析（CCA）。

转录组代谢组联合分析案例分享

研究方案

材料：采集来自云南大理市(Y_DTN)、云南丽江市(Y_LTN)、云南建水县(Y_JTN)、云南曲靖市(Y_QTN)、四川会理市(S_DHT)和攀枝花市(S_PTN)以及河南荥阳市(H_HYT)共7个不同产区的石榴果肉样品。

方法：RNA-seq；非靶代谢组；生理指标测定：pH值、可滴定酸度（TA）、总可溶性固体（TSS）和TSS/TA值

研究内容

1、生理指标+代谢组学分析：

7个产区突尼斯软籽石榴挥发性化合物的热图：风味谱、糖、有机酸和维生素c含量存在显著差异。所有石榴花粒中共鉴定出40种挥发性化合物，其中醇、醛、酸和二戊烯是影响石榴香气品质主要因素。

2、转录组分析：

WGCNA分析：1808基因（生物合成相关基因），1640个基因被分为11个不同的模块，红色、黄色、绿松石、蓝色、品红、绿色模块与大多数挥发性化合物呈较高的正相关关系（CC > 0.5），表明这些模块中的基因主要与所有石榴粥样品中风味化合物的产生有关。

GO和KEGG富集；1808基因主要富集于分子功能的“裂解酶活性”，细胞成分的“叶绿体基质”，生物过程的“小分子生物合成过程”。鉴定了40条显著富集的KEGG途径，其中碳代谢生物合成的DGE数量最多。与其他次生代谢产物相关的途径也被富集，包括淀粉和蔗糖代谢、糖酵解/糖异生等，这些富集的基因大部分属于黄色、绿松石色和蓝色模块。这也表明，这些模块中的基因的功能与KEGG富集分析相一致，而KEGG富集分析主要与初级和次生代谢产物的合成和代谢有关。

基因相关网络：三个模块与挥发性化合物的合成具有高度的相关性，但三个模块中的基因表现出不同的组成和表达模式，说明不同模块中的基因在挥发性化合物的合成中可能发挥不同的功能。

3、转录组+代谢组联合：

相关性网络图：己酸和1-己醇是石榴果实中的关键挥发性化合物，分别与38个和31个DEGs显著相关，例如Para-α-二甲基苯乙烯、2-非丙酮、肉豆蔻酸、苯乙烯和乙酸与不少于5个DGE具有显著的高相关性。结果表明，植物的次级代谢途径不仅仅是相应途径中酶与底物反应的结果，还受到其他途径中基因编码蛋白与代谢物相互作用的影响。

 

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