分类: 转录组测序

作者之前已经证明香蕉OFP促进果实成熟。香蕉中OFP1(MaOFP1)与MADS-box蛋白MuMADS1相互作用对于香蕉采后乙烯促进成熟产生拮抗作用。然后,香蕉果实的成熟过程也成为果实质量的一个部分。MuMADS1和MaOFP1果实品质形成方面,是否有的新的作用,目前尚不清楚。
本篇文章以野生型、突变体番茄、三种不同转基因系M(过表达MuMADS1)、O(过表达MaOFP1)、MO(同时过表达MuMADS1和MaOFP1)为实验材料,运用转录组测序技术,解析了MuMADS1和MaOFP1对果实品质形成方面的分子机制。

研究结果

(1)差异表达基因(DEGs)数目分析

下图表明了MuMADS1 和 MaOFP1能调节突变体中差异基因数目

(a) WT vs. ovate; (b) WT vs. MuMADS1 transformants; (c) WT vs. MaOFP1 transformants; (d) WT vs.
MuMADS1 + MaOFP1 transformants; (e) ovate vs. MuMADS1 transformants; (f) ovate vs. MaOFP1 transformants; (g) ovate vs. MuMADS1 + MaOFP1
transformants.

(2)差异基因的功能注释和富集分析

COG分类表明淀粉、蔗糖和碳代谢构成了外源基因整合最主要的代谢途径,这些基因可能是果实品质形成期活跃的基因。

Histogram of COG classifification.
(a) WT vs. ovate; (b) WT vs. MuMADS1 transformants; (c) WT vs. MaOFP1 transformants; (d) WT vs.
MuMADS1 + MaOFP1 transformants; (e) ovate vs. MuMADS1 transformants; (f) ovate vs. MaOFP1 transformants; (g) ovate vs. MuMADS1 + MaOFP1
transformants.

本文通过转录组差异基因数据分析及通路注释,解析了MuMADS1和 MaOFP1共同调控果实品质的性状的分子机制。类似的分析内容在转录组相关文献中已成为标准必备。百迈客云平台(BMKCloud)基于此,已开发了一系列测序数据分析平台,涵盖多个研究方向。

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