近日,《自然》杂志推出2022值得年度关注的榜单技术,其中空间多组学技术就榜上有名,该技术不仅在2020年被Nature Methods评为年度技术方法,同样在2021年大量科学先后报道了空间多组学技术在不同领域重大突破和发现,再次在2022年被评为值得关注的7大年度技术之一。我们不仅感叹空间转录组测序技术的强大,这里就不得不回顾一下在过去的一年中空间转录组测序技术的应用和发展。

2022年值得关注的7大技术榜单

2022年值得关注的7大技术榜单

2021年利用空间转录组测序技术发文章呈现井喷式增长,其中已正式发表文章有40余篇,而空间转录组学为特色的预印本bioRxiv搜索“空间转录组学(spatial transcriptomics)”一词,获得了500余条结果,其中80余条是在2021年提交的,可以说2021年是空间转录组测序技术应用好文发表突飞猛进的一年。

2016年-2021年空间转录组文章发表趋势和影响因子分布

通过检索空间转录组发表文章的数据分析来看,该技术在2021年中得到广泛应用,并且文章影响因子主要集中在10~20分区间,其占比高达39%,其次在30分以上占比达到30%,由此可见空间转录组测序技术的应用极大提升了文章的质量和档次。

不仅如此,2021年空间转录组测序技术还在物种上有了新的突破,不再局限于人和鼠常见的模式物种,已经开始迈入哺乳动物(猪)、家禽类(鸡)、植物类(拟南芥、云杉、杨树)等新的物种领域,极大拓展其应用范围。

物种空间转录组文献发表统计

物种空间转录组文献发表统计

2021年空间转录组在不同组织部位上应用也取得一些新进展:比如骨组织一类就有不少文章发表,有头盖骨[PNAS,IF=11.2]、腰骨骼肌[NatureCommunications,IF=14.9]、肩部肌腱[AnnRheum Dis,IF=19.1 ];生殖器官有子宫内膜[Nat Genet,IF=27.6]、卵巢[NatureBiotechnology,IF=54.9];泌尿系统:前列腺[Nature Communications,IF=14.9]、膀胱[NatureCommunications,IF=14.9];肠道组织:胎儿肠道[Cell,IF=41.6];脂肪组织:皮下腹部[CellMetabolism,IF=27.3];脑组织:脑内炎症[[Ann Rheum Dis,IF=19.1 ],IF=24.9]、等皮质和海马[Cell,IF=41.6]、脑神经系统[AnnuRev Neurosci,IF=12.4]、前额叶皮层[Nat Neurosci,IF=24.9]、海马和前额叶皮质[NatureCommunications,IF=14.9]等都组织区域都有不错的研究报道,甚至连取材最困难的皮肤样本都发表重要研究成果:皮肤肉芽肿[Nature Immunology ,IF=25.6],空间转录组逐渐在更多的组织类型上得到广泛的应用,揭示更深层次空间维度生物学表型。

空间转录组不同组织应用发表文献统计

空间转录组不同组织应用发表文献统计

基于上面数据我们不难看出来前期研究,脑组织空间基因表达探索最为广泛,当然还有心脏组织、肝组织前列腺组织;植物主要集中在花序器官的研究,随着各种组织探索和尝试,基本上空间转录组已经在各种组织中全面开火,不管从技术的前瞻性也好,还是从空间这个维度深度阐释一些生物学现象,弥补了细胞空间位置信息的趋势,空间多组学技术毫无疑问成为引领科学研究的风向标。

后续文章,敬请关注:

2021年度空间转录组动植物四大应用方向:时空图谱篇(发育)、肿瘤篇、疾病机制篇、生物进化篇

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