【文献秀第3期】全长转录组的比较分析揭示罗浮买麻藤茎的动态变化

摘要

买麻藤属的大部分种类广泛分布于热带地区，有着广泛的工业用途，包括绳、网以及纸的制造。尽管已经有许多研究对茎的发育过程进行了解剖研究，但在买麻藤属植物中，调控这一发育过程的潜在分子机制仍鲜为人知。利用Oxford Nanopore技术，从罗浮买麻藤（Gnetum lofuense）茎发育的四个阶段取样，共获得12个样本进行全长转录组测序。分析结果显示，共发现了24,151个可变剪接（AS）和134,391个可变多聚腺苷酸化（APA）。在四个发育阶段中，发现可变剪接呈现动态变化，特别是内含子保留的情况，而可变多聚腺苷酸化位点的转录本数量没有发现动态变化。共检测到728个lncRNA，顺式调控的靶基因数量显著增加，而反式调控的靶标基因数量没有变化。此外，对所有全长转录本的K-mean聚类分析显示，初生生长与碳水化合物代谢和真菌防御有关，而次生生长与光合作用、氮转运和叶片个体发育密切相关。通过加权基因共表达网络分析和差异表达转录本分析发现，bHLH，GRF和MYB相关转录因子参与了罗浮买麻藤茎的初生生长，而AP2，MYB，NAC，PLZA和bZIP参与了罗浮买麻藤茎的次生生长。本研究结果进一步证明，纳米孔测序技术为生成全长转录组数据和研究种子植物器官发育提供了一种经济有效的方法。

活动信息

本期文献秀就邀请了本文作者为大家带来这篇文献的详细解读，想详细了解这篇文献设计分析思路的同学欢迎参加本次直播活动：

主题：【纳米孔测序技术】全长转录组的比较分析揭示罗浮买麻藤茎的动态变化

时间：5月25日16:00

形式：线上直播

主办方：百迈客生物

分享嘉宾

侯晨 博士

毕业于斯德哥尔摩大学（瑞典）植物系统发育学专业，中山大学博士后，广东省林业科学研究院助理研究员，主要研究方向为樟属植物龙脑累积的分子机制，澳洲坚果种子，买麻藤属发育和转录组。

刘绍艳 博士

毕业于南京农业大学，百迈客生物实验研发工程师，主要负责ONT平台各产品的相关研发工作。

活动支持

 

关于文献秀

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