分类： 公司新闻
0

ONT 测序（Oxford Nanopore Technologies，简称ONT）是新一代基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术。自从2017年3月开启ONT平台研发立项以来，百迈客不断探索与前进，一路披荆斩棘，经过近四年时间的沉淀与磨砺，现已成绩斐然。
近日，ONT官方再次更新PromethION测序芯片，该芯片将有效提升单cell测序产量，为更快速获得更多数据提供可能（详情点击：【NCM 2020大会快讯】99.1％单序列准确度，PromethION测序10 Tb数据新记录，更多详细内容请看NCM2020大会视频：https://v.qq.com/x/page/q3210vougvi.html）。2020年12月25日，全新测序芯片成功抵达百迈客青岛分公司，在快马加鞭下现已成功完成抢鲜测试。接下来将由小编带领大家看看ONT更新后的实际效果吧！

 

关于产量

三代测序仪以其超长读长的优势，在基因组学中备受青睐。Nanopore平台借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测，从而实现测序。因Nanopore测序读长更长且通量高的特点，近几年在基因组组装应用中崭露头角。

百迈客全新R9芯片单cell数据量由之前的97Gb提升至178 Gb，产量提升近2倍。R10芯片单cell数据量也达到了80 Gb。更长的读长，更高的产量将使得高重复大基因组更易被解析。

表1 同一样品不同芯片对比产出情况（Denovo 30Kb 文库）

表2 不同样品及试剂盒产出情况统计

关于质量值

本次更新不仅是有了量的突破，同时也有了质的飞跃，Oxford Nanopore近期发布了一款名为Bonito CRF的新算法，基于大数据进行准确度训练，可有效提高对单条读长序列识别（在DNA单分子上确定碱基序列过程）的准确性。通过与最常用的basecalling软件比对可以发现，Bonito可以有效提升序列识别的准确性，使得高准确性基因组组装成为可能。

表3 新旧Basecalling软件对同一数据识别准确性比对

为了比较两种新版本测序芯片准确性情况，百迈客研究团队对新版本R9与R10芯片进行basecalling，结果不难发现同一芯片下，Bonito比Guppy提升了~9%，而R10准确性已突破90%。

表4 新R9.4.1及R10 basecalling结果比对


图1 同一样本R9.4.1 vs R10 原始产出质量值对比

Bonito下R10准确率数据统计，容小编在这里小小的卖个关子，下次揭晓谜底~ 可以预见的是，R10结合Bonito将在更广泛的基因组范围内获得一致的高精度结果！后续小编将会系统的展示高质量下基因组的组装结果及情况，后续更多数据及结果敬请期待！
百迈客作为ONT全球战略合作伙伴，将继续为所有的科研工作者提供更长更准的测序及分析服务。

百迈客与ONT战略合作签约合影

（右下：百迈客CEO郑洪坤先生；左下：牛津纳米孔CEO Gordan Sanghera博士）


百迈客自2018年8月与牛津纳米孔公司达成长期合作，拥有MinION、GridION X5和PromethION三种型号全套纳米孔测序仪。更是中国大陆全部通过PromthION/GridION平台及DNA/RNA产品官方认证的公司。

最近文章