ONT 测序(Oxford Nanopore Technologies,简称ONT)是新一代基于纳米孔的单分子实时电信号测序技术。自从2017年3月开启第一个ONT平台研发立项以来,百迈客不断探索与前进,一路披荆斩棘,经过近四年时间的沉淀与磨砺,现已成绩斐然。
近日,ONT官方再次更新PromethION测序芯片,该芯片将有效提升单cell测序产量,为更快速获得更多数据提供可能(详情点击:【NCM 2020大会快讯】99.1%单序列准确度,PromethION测序10 Tb数据新记录,更多详细内容请看NCM2020大会视频:https://v.qq.com/x/page/q3210vougvi.html)。2020年12月25日,国内首批全新测序芯片成功抵达百迈客青岛分公司,在快马加鞭下现已成功完成抢鲜测试。接下来将由小编带领大家看看ONT最新更新后的实际效果吧!

 

关于产量

三代测序仪以其超长读长的优势,在基因组学中备受青睐。Nanopore平台借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测,从而实现测序。因Nanopore测序读长更长且通量高的特点,近几年在基因组组装应用中崭露头角。

百迈客全新R9芯片单cell数据量由之前的97Gb提升至178 Gb,产量提升近2倍。R10芯片单cell数据量也达到了80 Gb。更长的读长,更高的产量将使得高重复大基因组更易被解析。

表1 同一样品不同芯片对比产出情况(Denovo 30Kb 文库)

表2 不同样品及试剂盒产出情况统计

关于质量值

本次更新不仅是有了量的突破,同时也有了质的飞跃,Oxford Nanopore近期发布了一款名为Bonito CRF的新算法,基于大数据进行准确度训练,可有效提高对单条读长序列识别(在DNA单分子上确定碱基序列过程)的准确性。通过与最常用的basecalling软件比对可以发现,Bonito可以有效提升序列识别的准确性,使得高准确性基因组组装成为可能。

表3 新旧Basecalling软件对同一数据识别准确性比对

为了比较两种新版本测序芯片准确性情况,百迈客研究团队对新版本R9与R10芯片进行basecalling,结果不难发现同一芯片下,Bonito比Guppy提升了~9%,而R10准确性已突破90%。

表4 新R9.4.1及R10 basecalling结果比对


图1 同一样本R9.4.1 vs R10 原始产出质量值对比

Bonito下R10准确率数据统计,容小编在这里小小的卖个关子,下次揭晓谜底~ 可以预见的是,R10结合Bonito将在更广泛的基因组范围内获得一致的高精度结果!后续小编将会系统的展示高质量下基因组的组装结果及情况,后续更多数据及结果敬请期待!
百迈客作为ONT全球战略合作伙伴,将继续为所有的科研工作者提供更长更准的测序及分析服务。

百迈客与ONT战略合作签约合影

(右下:百迈客CEO郑洪坤先生;左下:牛津纳米孔CEO Gordan Sanghera博士)


百迈客自2018年8月与牛津纳米孔公司达成长期合作,拥有MinION、GridION X5和PromethION三种型号全套纳米孔测序仪。更是是中国大陆首家全部通过PromthION/GridION平台及DNA/RNA产品官方认证的公司。

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