蛋白质组学如何发NC？【胃癌的蛋白质组学研究方法】

胃癌（GC）在全球肿瘤死亡原因中排名第三，我国是胃癌发病和死亡的重灾区。Lauren分型从形态学上将GC分为三种类型：弥散型，肠型和混合型，弥漫型胃癌（DGC）占GC的约30％，预后最差，且缺少有效的靶向治疗手段。尽管国际上发表过基于基因组和转录组的胃癌分子分型，但均没有与临床预后实现有效的关联性。本文对胃癌组织及其附近组织进行蛋白质组学研究，是DGC的蛋白质组学分析，研究成果发表在Nature Communications杂志上。

A proteomic landscape of diffuse-type gastric cancer

弥漫型胃癌的蛋白质组学研究

材料和方法

材料：从2451名接受全胃切除术或胃大部切除术的胃癌患者，并选择了146例DGC患者，经严格筛选后将84组样本用于蛋白质组学处理。

质谱仪：Orbitrap Fusion Lumos和Q Exactive 平台（Thermo Fisher）

检测技术：label-free

结果概述

该研究共鉴定到11340个不同的基因产物，覆盖了肿瘤细胞及肿瘤微环境所有可能表达的蛋白。研究人员对胃癌与癌旁组织全蛋白表达谱进行聚类分析，将弥漫型胃癌分为三个分子亚型（PX1~3），且这三个亚型与生存预后和化疗敏感性密切相关。这是世界上实现在蛋白层面上对肿瘤进行分子分型，且分的的亚型与预后和化疗有显著性关联。其中PX1型（细胞周期型），总生存时间最长；PX2型 (上皮-间充质转化型)，生存预后介于PX1和PX3之间；PX3 （免疫通路富集型）患者肿瘤组织高表达蛋白富集在免疫响应相关通路和EMT相关蛋白上，总生存时间最短，并且该组患者对化疗不敏感。

图1. PX1-3中84名患者主要改变信号通路热图

该研究筛选出23个与预后相关的胃癌候选蛋白药物靶标，并提示弥漫型胃癌在以下四个通路最有可能找到治疗靶标：经典的肿瘤生长通路、代谢和氧化应激过程、细胞黏附和侵袭过程以及肿瘤和肿瘤微环境中的免疫调控。此外，该研究团队还针对目前热度较高的肿瘤免疫治疗的“地形图”进行了详尽的分析。发现最近研究火热的PD-L1/PD1在弥漫性胃癌中鲜有表达，不太可能适合用作弥漫型胃癌的治疗靶标，而包括IDO1、ARG1和CD47/SIRPA等在内的多种免疫相关蛋白在弥漫型胃癌中表达较高，尤其在PX3肿瘤组织中显著高表达，且表达量与生存时间显著负相关，有可能作为免疫治疗的候选靶标。

图2. 候选靶向药物的细胞定位和信号传导途径

蛋白质是生命的物质基础、有机大分子、构成细胞的基本有机物和生命活动的主要承担者。近年来，利用质谱技术平台，蛋白质组学研究技术不断发展创新，根据研究方法主要分为定性蛋白质组学、定量蛋白质组学和修饰蛋白质组学，助力科学工作者在大规模水平上研究蛋白质的特征。

我们的研究实力

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