分类: 转录组测序

应用案例

案例一

Complete genomic and transcriptional landscape analysis using third-generation sequencing: a case study of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D. (Nucleic Acids Research, 2018.01, IF=11.561)

1、对酿酒酵母进行全长转录组测序;

2、葡萄糖生长条件下的酵母共计获得~509 MB(59X)数据量,包含约530,000高质量reads,其中N50为1150bp;酒精条件下的酵母共计获得~623 MB(72X)数据,约623000 高质量reads,其中N50为1263 bp;

3、该技术的比对率为88%,错误率为12%,其中超过70%的转录本为全长转录本,鉴定长度最长转录本超过5kb,并对转录本进行定量分析。

 

案例二:

Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells. (Nature Communications, 2017, IF=12.353)

1、鉴定到4234 TSSs 和3883 TESs,其中Genecode数据库已知2476 TSSs 和2448 TESs ;

2、并发现 296 内含子保留, 134 个5’剪切 和173 个3’剪切;

3、结果表明,通过Nanopore测序不仅可以识别复杂的isoforms,而且还能定量其表达水平。

 

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