【项目文章】珍珠价格要大跌了！

文章发表在Scientific Reports上，利用SLAF-seq技术构建的高密度遗传图谱定位珍珠蚌珍珠品质相关性状QTLs，相信本篇文章能够给珍珠蚌育种工作带来进步，以后珍珠品质和产量势必会得到提高，喜爱珍珠或者珍珠面膜的女士们可以花费得更少，买买买！！！
好了，回到文章本身，先看看文章的材料情况：
亲本：来自鄱阳湖的母本X来自洞庭湖的父本（来自千岛湖的蚌蚌们表示不服）
子代：200个F1子代
再看文章的结果：

基本测序结果分析：

在自然状态下很难保证所有F1群体均是目标亲本的子代，所以作者进行了亲自鉴定的工作，最终剩下157个正牌的F1子代；
共获得了139,113,148个reads，其中Q值大于30以上的高质量数据占88.64%，GC含量为37.45%。父母本reads数分别为9,025,115和8,571,660，F1子代平均为773,990。与之对应的高质量SLAF-tag数为239,704个，其中父母本中开发的SLAF-tag数分别为201,805和206,806个，深度为19.25X和20.70X；子代中平均SLAF-tag为123,038个，平均深度为3.11X；
聚类分析后共获得多态性的SLAF-tag132,542个，其中可成功进行二等位编码的SLAF-tag108,004个，选择适合F1群体作图的多态性标记后，利用测序深度和完整度过滤，最终剩余4,508个多态性SLAF标记用于遗传图谱的构建；

遗传图谱构建：

结合506个SSR标记和4,508个SLAF标记，进行遗传图谱的构建，成功构建了珍珠蚌19条连锁群，共含有标记4,920个，中性图总图距为2,713cM，平均图距为1.81cM。雄性图包括3,233个标记，总图距2,561cM，雌性图包含标记3,123个，总图距2,810cM；

 

图1 珍珠蚌高密度遗传图谱

遗传图谱比较统计分析：

作者之前利用SSR标记做的遗传图谱和利用SLAF-seq构建的遗传图谱进行了比较。两张遗传图谱均构建了珍珠蚌19条连锁群，但是标记数，图距，分辨率均不同。SSR标记包含了506个标记，总图距1,922.3cM，平均图距3,99cM，大的Gap数较多，而基于SLAF-seq的图谱在以上指标上均显著优于SSR标记图谱。

QTL定位分析：

共定位到了26个和珍珠品质相关的QTL，分别位于第1,4,8，14，15和17号连锁群上，PVE范围为8.45%-22.8%。在1号连锁群上定位到3个壳宽QTLs，在第1和第15号连锁群上分分别定位到1个控制壳重的QTL。第8号染色体上定位到体重相关的7个QTL，另外，作者也定位到了大量其他性状的QTL。同时对第17号染色体上的4个和贝壳珍珠层颜色相关的QTL进行简单的统计验证。

 

 

文章亮点总结：

1.材料：珍珠蚌需要生长到一定年限才能有珍珠产生，本文材料非常难得，是能获得较好结果的基础；2.有SSR遗传图谱的构建，并与SLAF标记进行了整合，图谱密度高；
3.利用遗传图谱定位到了大量和珍珠质量相关的QTL，相关标记可以进一步开发用于分子标记辅助育种，具有重要的经济价值；
4.部分QTL区域的标记进行简单的统计学验证，使QTL定位结果的可靠性增加。
本期文献解读就到这里，提前透露下，图谱君最近正在运作另外一篇水产物种的图谱构建，QTL并且利用一种高（涨）逼（姿）格（势）的方法进行QTL验证的文章，敬请期待~~~

参考文献：
Bai Z Y, Han X K, Liu X J, et al. Construction of a high-density genetic map and QTL mapping for pearl quality-related traits in Hyriopsis cumingii[J]. Scientific Reports, 2016, 6.