技术简介
环状RNA测序(CircRNA Sequencing)是基于二代测序使用特定方法降低样本中rRNA的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行circRNA信息分析的研究方法。通过环状RNA测序技术,研究者可进行circRNA鉴定、注释分析、表达量计算、分布统计、circRNA保守性分析及互作miRNA、mRNA等分析在内的多种生物信息学分析工作,深度挖掘circRNA的功能与机制。。

技术路线

 

 

产品名称

环状RNA

样品要求

总RNA≥6ug;RNA样品浓度≥65 ng/ul;

适用情况

有参动植物

测序策略

HiSeq PE125;HiSeq PE150

推荐数据量

6G(RNase R处理的植物) 、10G(RNase R处理的动物)、16G Clean data(lncRNA建库方式)。

分析内容

与参考基因组比对分析
circRNA的鉴定和预测
circRNA特征分析
circRNA可变剪接分析
circRNA表达量分析
circRNA靶基因预测
circRNA差异表达分析
差异表达circRNA的聚类分析
circRNA来源基因的注释和富集分析
circRNA-miRNA调控网络分析
circRNA与mRNA表达水平分析(lncRNA建库方式)
circRNA-miRNA-mRNA-lncRNA的互作调控网络分析(lncRNA建库方式)

项目周期

70天

Genome Biology:环状RNA测序解析猪胚胎脑发育过程中circRNA表达的时空调控

本研究对5个脑组织的6个时间点进行了circRNA测序分析发现数以千计的circRNA有着高度复杂的时空表达调控模式。60天妊娠期的circRNA最复杂,鉴定到4634个特异circRNA。20%的剪接位点在人和鼠中很保守。并且发现“热点”基因可产生多个circRNA异构体,它们在猪大脑发育过程中呈差异表达。最后RNase R处理结合原位杂交表面发育过程中的circRNA在细胞中呈动态定位。这些结果说明circRNA在猪胚胎大脑发育过程是呈时空特异地动态高表达,表明在哺乳动物脑发育过程中发挥重要作用。

 

参考文献:Spatio-temporal regulation of circular RNA expression during porcine embryonic brain development.

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