环状RNA是新近发现的一类特殊的非编码RNA分子，也是RNA领域新的研究热点。与传统的线型RNA不同，环状RNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。今天解读的第五篇案例是研究番茄circRNA的文章，也是番茄circRNA的文章哦~~~
中文名：冷害刺激下番茄中circRNA的作用分析
英文名：Deciphering the roles of circRNAs on chilling injury in tomato
杂志：Biochemical and Biophysical Research Communications，2016
影响因子：2.371
研究背景
circRNA（环状RNA）能够调控miRNA功能和基因转录，近期通过高通量测序技术在动植物当中发现了大量的circRNA。然而，番茄果实中的circRNA研究地还很少。番茄是一种常见的茄科蔬菜，对冷害特别敏感。为了深入理解circRNA在冷害刺激下的作用，这篇文章用高通量测序技术研究了番茄果实中的cricRNA。
实验设计
实验材料：绿熟期番茄果实分为两个组：
对照组置于10℃冰箱72小时；
冷害组置于0℃冰箱72小时；
取中果皮组织液氮速冻，混样，用于提取RNA；
共2个样品，无生物学重复。
测序方法：去线性建库，Illumina HiSeq 2500，PE125。数据量每个样品约5G。
技术路线：
研究结果
一.番茄中circRNA的鉴定
1.circRNA数量统计
2.染色体来源分析发现，1号染色体产生的circRNA最多。
3.为进一步了解番茄circRNA的功能，文章分析了circRNA靶向基因，共发现了862个靶向基因，并对这些基因进行了GO分析。表明这些基因参与了多种生理过程，如氧化还原反应、细胞壁降解、脂质过氧化反应、茉莉酸代谢和脱落酸代谢等。
二、circRNA作为miRNA的海绵调控miRNA功能
1、对circRNA的靶向miRNA分析，发现102个circRNA共能够靶向24个miRNA。这些靶向的miRNA调控的基因参与了氧化还原反应、细胞壁降解、热激蛋白等生理过程，说明circRNA能够作为miRNA的海绵调控miRNA功能。
部分miRNA列表
2、在854个circRNA中，有163个存在明显表达差异。与对照组相比，冷害组中有138个上调的circRNA，25个下调的circRNA。
文章亮点
1.circRNA靶向基因分析表明circRNA可能通过调节靶向基因应对冷害刺激；
2.circRNA还可以作为miRNA的吸附海绵调控miRNA的功能；
3.文章还比较了冷害刺激下番茄果实circRNA的表达差异，有163个存在明显表达差异，说明番茄果实的circRNA受冷害胁迫调节；
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