想系统学习遗传进化常规分析怎么做?想定制化绘制优美的图形?想了解遗传进化在文章中的应用?

这是你吗?

应各位老师需求,百迈客特开办遗传进化生信分析培训班,面向全体科研工作者,系统学习遗传进化中常规内容,并重点进行高级图形绘制。课程设计覆盖基因流、分化时间、群体历史动分析三块当前热点研究内容。

课程亮点:

1、定制化绘制各种优美漂亮图片

2、丰富齐全的学习文档,每一步骤每一代码详细列出

3、课上课下均可独立操作的专门服务器

4、理论与实操相结合,系统学习遗传进化课程

5、免费且长期的售后答疑群,保障学员课下学习

6、讲师团队专注于动植物领域5年以上,具有丰富的项目经验和培训经验

为了让大家更系统了解本次课程的相关培训,现将部分教授内容展示如下:

系统发育树:

又称系统发生树、系统演化树、种系发生树等。表明被认为具有共同祖先的各物种之间的演化关系树形图,用来描述物种之间的分类和演化关系。本课程带领学员学习系统发育树发展、相关术语、系统发育树分类以及建树步骤,同是针对分析结果进行图形化绘制,如下图。

群体结构:

群体结构,又称群体分层,指所研究的群体中存在基因频率不同的亚群。群体结构分析有助于理解进化过程,并且可以通过基因型和表型的关联研究确定个体所属的亚群。本次课程带领学员学习structure和admixture两款软件,基于deltak和CV值法进行最优分群,并定制化绘制群体结构图形(分组和不分组、色系调整等)。

群体结构和系统发育树组合图:

主成分分析:

设法将原来众多的具有一定相关性的变量(标记)重新组合成一组较少个数的互不相关的综合变量(主成分)。主成分分析主要应用:群体分层、outlier筛选、亚群进化关系、群体结构矫正。本次课程利用smartpca软件进行实际操作,掌握二维图和三维图绘制。

选择清除分析:

自然选择促使有利突变在群体中保留下来,与之连锁的中性位点突变频率提升,非连锁的中性位点突变频率下降;简单的说就是基因组某区域由于受到了选择而消除多态性,即遗传多样性降低,在群体中出现高频的等位基因和低频的等位基因。
针对这块生信领域热点研究内容,本次课程主要介绍PopGenome、vcftools两款软件,针对θπ、θw、Fst、Tajima’s D等各种指标进行分析并图示化结果。

除了遗传进化常规分析内容之外,本次课程涵盖分化时间、基因流、群体历史动态三块高级分析内容。部分结果展示如下:


课程内容列表

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