目前，微生物多样性研究主要是于编码核糖体RNA的核酸序列保守区进行的。细菌主要是基于16S区，真菌主要基于18S区或ITS区（内转录间区），16S rDNA 是编码原核生物核糖体小亚基rRNA（16S rRNA）的DNA序列，18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA（18S rRNA）的DNA序列，ITS是编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA内转录间隔区序列。这些序列中既有保守区又有可变区，保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，而高变序列区域则能体现物种间的差异。由于18S rDNA在进化速率上比较保守，在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。
常用作微生物分类研究的ITS分为ITS1和ITS2两种。ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列的18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。由于ITS区在核糖体RNA加工过程中被剪切掉，不发挥功能作用，在进化过程中选择压力较小，进化速率约为18S rDNA的10倍，属于中度保守的区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。另外，也可通过选择引物同时扩增18S rDNA和ITS，通过分析20S rDNA序列，先在较高级别上确定样品的归属，然后根据ITS 序列，将真菌归类到种或亚种水平。
微生物多样性测序分析内容
标准分析内容
序列优化及质控、测序数据介绍、数据过滤及质量评估、划分OTU、OTU生成、OTU聚类结果统计、OTU丰度统计、分类学分析、物种分类与相对丰度统计、群落结构分析、物种热图分析（N≥3） 物种系统进化分析、单样品分类学树状图、多样品分类学树状图、单样品（alpha）多样性分析、α-多样性指数统计、稀释性曲线 Shannon-Wiener曲线、物种累积曲线（N≥5） 样品间OTU比较（Venn图或者花瓣图） 多样品（beta）多样性分析（N≥3） Binary jaccard、bray Curtis （un）weighted unifrac（细菌）、样品热图分析、主坐标PCoA分析、主成分PCA分析、样品层次聚类（UPGMA）、NMDS 分析
高级分析内容
组间差异分析（分组≥2，每组≥2样品）、LEfSe分析 组间显著性差异分析、样品间相关分析（N≥3）、三元相图（N≥3）、Anova方差分析（分组≥2，每组≥2样品）、Wilcox秩和检验（分组≥2，每组≥2样品）、RDA/CCA 分析（属水平）(注：需要提供环境因子数据，且环境因子数小于分析样品数) 基于16S的COG和KEGG数据库功能富集（限细菌）
物种相对丰度计算方法
每个物种在每个样品中的测序tags数除以对应样品的测序tags总数
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