分类： 智能制造
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数据相关统计

表1 测序Reads统计

Type Number Percent(%)
Number of Reads 1,338,426,735
Valid Barcodes 1,262,816,067 94.35​
Valid UMIs ​1,329,064,839​ 99.3​
Final Valid Reads 1,262,615,019 94.34​

▶表1 note说明

Number of Reads：Reads总数；

Valid Barcodes：包含有效Barcode的Reads数；

Valid UMIs：包含有效UMIs的Reads数；

Final Valid Reads：同时包含有效barcode与UMI的最终Reads数。

表2 数据比对

Type Percent(%)
Reads Mapped to Genome 97.63%
Reads Mapped Confidently to Genome 91.24%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 5.49%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions 6.09%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions 79.66%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome 81.42%

▶表2 note说明

Reads Mapped to Genomes：比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Genome：比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions：比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Intronic Regions：比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Exonic Regions：比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Transcriptome：比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例。

Spots相关统计

Summary

表3 Spots统计

Tpyes Values
Sequencing Saturation 88.33%
Percent of Spots Under Tissue 39.00%
Fraction Reads in Spots Under Tissue 85.71%

▶表3 note说明

Sequencing Saturation：测序饱和度；

Percent of Spots Under Tissue：切片组织下Spots的比例；

Fraction Reads in Spots Under Tissue：切片组织下Reads的比例。

表4 不同水平Spots统计

Level 13 (100μm) 7 (50μm) 6 (42μm) 5 (35μm) 4 (27μm) 3 (20μm)  2(10μm) 1 (5μm)
Number of SupSpots 1,991 7,357 10,263 15,315 25,227 49,148 133,376 724,620
Median Genes per SupSpot 8,787 4,377 3,566 2,740 1,929 1,160 498 106
Median UMI Counts per SupSpot 46,584 12,475 8,975 6,021 3,642 1,840 655 120
Total Genes Detected 37,427 37,421 37,419 37,423 37,422 37,419 37,422 37,423

▶表4 note说明

Level：分辨率水平；

Number of SupSpots：一个或多个spot合并成的supspot个数；

Median Genes per SupSpot：每个SupSpot中基因数目的中位数；

Median UMI Counts per SupSpot：每个SupSpot的UMI中位数；

Total Genes Detected：基因总数。

组织切片HE染色图

图1 组织切片HE染色图

组织umi-count统计图

图2 组织UMI count统计图

 

 

▶分辨率水平说明

supspot level与spot点数图

supspot level分辨率表

SupSpot Level 分辨率 Spot点数
13 100μm 469
7 50μm 127
6 42μm 91
5 35μm 61
4 27μm 37
3 20μm 19
2 10μm 7
1 5μm 1

 

聚类分析

l13-cluster聚类图

l7-cluster聚类图

l5-cluster聚类图

细胞分割

Summary

表5 细胞分割统计

Type Value
Number of Cells 137,671
Median Genes per Cells 645
Median UMI Counts per Cells 870
Total Genes Detected 37,319

▶表5 note说明

Number of Cells：分割得到的细胞数；

Median Genes per Cells：每个细胞中基因数目的中位数；

Median UMI Counts per Cells：细胞的UMI中位数；

Total Genes Detected：基因总数。

组织切片荧光图

组织切片he分割图

组织切片荧光分割图

细胞分割聚类图

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