二代转录组测序已经如火如荼的开展了近十几年,关于mRNA研究的文章也呈爆发式的发展,但是最近几年单纯的mRNA检测似乎不再那么吃香了。我们来看一组数据,下图是Pubmed数据库中检索mRNA得到的相关的文献信息,数据显示2015年时普通mRNA文献已经达到峰值,随后关于mRNA的文章开始有下滑的趋势。

那么问题来了,还有什么技术可以达到科研目的,又不显得那么过时呢?不着急,全转录组测序来助你!全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和,包括mRNA和各种noncoding RNA。机体内除了mRNA转录翻译成蛋白质行使功能以外,noncoding RNA在转录调控中占有重要的作用。像近几年来比较火热的竞争性内源RNA(ceRNA)调控机制也属于全转录组研究的范畴内。那不多说,直接上文献,有文献有真相。

 

英文题目:miR-185 Inhibits Fibrogenic Activation of Hepatic Stellate Cells and Prevents Liver Fibrosis
中文题目:miR-185抑制肝星状细胞活化防止肝纤维化
发表杂志:Mol Ther Nucleic Acids,IF=5.919
发表时间:2018.03
合作单位:首都医科大学北京地坛医院

研究内容

本文先是对HBV相关肝纤维化(n = 10)患者和健康对照组(n = 8)进行血浆小RNA测序,根据差异基因和研究背景锁定目标研究对象“miR-185-5p”。qPCR和WB检测miR-185、以及肝纤维化特征基因RNA和蛋白表达水平。随后通过细胞学实验、体外实验、小鼠模型实验等,发现miR-185通过靶向RHEB和RICTOR抑制HSC的活化,并且观察到的纤维化与miR-185表达之间的负相关关系,可用于评估纤维化的严重程度。为了进一步研究是否可以将miR-185鉴定为疾病进展的候选预测指标,需要具有可比临床病理特征和完整随访数据的更大队列研究。

 

英文名:High-Throughput Data of Circular RNA Profiles in Human Temporal Cortex Tissue Reveals Novel Insights into Temporal Lobe Epilepsy
(文章解读Link:https://mp.weixin.qq.com/s/5sFfSqnonWHLPqKhhBZ4eA
中文名:人类颞叶皮层组织的circRNA高通量测序揭示颞叶癫痫的新认知
杂志:Cell Physiol Biochem 2018
影响因子:5.104
合作单位:首都医科大学附属北京天坛医院北京神经外科研究所

研究内容

在本研究中,为了评估circRNA在人体内的作用,作者采用了高通量测序方法,测定TLE患者和非TLE患者颞叶新皮质中circRNA表达水平,并对环状RNA的功能进行注释。同时对circRNA表达谱进行了全面的分析,确定了癫痫患者的8个circRNA。其中显著差异表达的circ-EFCAB2和circ-DROSHA可能是通过调节来源基于EFCAB2和DROSHA参与TLE,也可能作为miRNA的海绵影响靶基因的表达,参与TLE的发病机制。描述了一个包含潜在基因与circRNA-miRNA的网络。

 

英文标题:Deregulated lncRNA expression profile in the mouse lung adenocarcinomas with KRAS-G12D mutation and P53 knockout.

(文章解读Link:https://mp.weixin.qq.com/s/K1gB95msNBjaj5_3zRY7tA

发表杂志:J. Cell. Mol. Med.•2019

影响因子:4.658

合作单位:复旦大学医学院

 

研究内容

作者研究长链非编码RNA (lncRNAs) 在肺癌中的作用。作者使用微阵列来研究P53敲除和KRAS-G12D突变小鼠肺腺癌中异常表达的lncRNAs。结果表明,shRNAs敲除NONMMUT015812可降低KP细胞的增殖和迁移能力。在小鼠肺腺癌中异常表达的lncRNAs中,NONMMUT015812是一个潜在的致癌基因。

 

好啦,今天文献就说到这里。上述文献是不是有种似曾相识的感觉,10年前,转录组按照“测序-找差异-功能描述”这套思路也可以发个比较好的文章,这几年却不能了。但是现在全转录正在开启这种模式,你有没有get到!

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