战疫情，强化分析功能的“2019-nCoV基因组数据分析综合平台”第二期上线

抗击疫情我们在行动

疫情猛于虎，疫情就是命令，时间就是生命，随着全国抗击新型冠状病毒肺炎的战役打响，百迈客研发人员自疫情爆发以来，主动放弃休息，默默工作，日夜奋战，争分夺秒，尽全力开发病毒分析平台，为全国一线疫情防控提供强有力的技术支持。

2020年1月27日，百迈客首版“新型冠状病毒基因组数据分析综合平台”免费向科研人员开放，上线后，来自全国18个高校和研究单位的访问量己达到2042次。其中包含同济大学医学院、哈尔滨医科大学、华中农业大学、武汉大学、包头医学院等等，不少专家学者对百迈客所做的努力给以了肯定，也提出了非常多的改进意见与使用需求。
近一周来，通过研发人员加班加点的不懈努力，于2020年2月3日正式上线第二期“新型冠状病毒(nCoV)基因组数据分析综合平台”。本期相较于第一期，平台在多个方面完成优化，以更好的提高对病毒数据的深入解读：

01、不断丰富病毒数据库：

研发人员不断跟进，并实时更新毒株测序信息。目前，病毒数据库中部署的病毒毒株的基因组信息已增加至37个，具体包括：
1、来源于GISAID的26例新型冠状病毒的基因组序列信息；
2、来源于NCBI的MN938384、MN908947、MN975262等3个毒株的序列信息；
3. 来源于NCBI的SARS毒株（AY274119.3）的序列信息和MERS毒株（KC164505.2、JX869059.2）等3个毒株序列信息；
4. 来源于NGDC的GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000等5个毒株的序列信息；
其中MN938384、MN908947、MN975262、GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000 毒株具有全套的基因组注释信息，用户可以通过Browse的Gene Search模块根据特定基因ID、或者特定基因组位置完成特定毒株中基因信息序列 及 基因结构的检索。

02、增加更多自动化分析工具

平台第一期已完成Blast（序列比对）、Gbrowse（基因组浏览器）、Primer Design（引物设计）、MEGA（进化树，了解毒株的进化起源）、Muscle（全局多序列比对）、MCMCTREE（分化时间估算）、MultipleCompare（蛋白多序列比对）等工具的部署。
第二期在继续修复、优化第一期工具的同时，又增加了bowtie2（将短序列比对至大基因组的工具)、bwa（短序列比对）等工具。其中，bowtie2具有速度快、节省内存，比对算法相对严格等特点，科研人员可用此工具实现快速比对，尤其是测序毒株与参考基因组毒株的差异性比较小时，一般选择此工具。bwa比对算法相对宽松，科研人员可用此工具快速的将相对较小的片段比对到参考序列上，尤其是当测序毒株与参考基因组毒株的差异性比较大时，一般可选择此工具。

03、更好实现了数据库与工具的组合使用

科研人员可使用平台数据库，通过工具模块完成一定的数据挖掘、分析。如通过我们部署的MEGA工具，即可以便捷使用数据库中已部署的37个毒株的参考基因组序列，而且用户可结合自己存储的私有毒株基因组序列，构建病毒毒株的进化树，了解新型冠状病毒的进化树起源。
我们将持续跟进、并更新平台数据库，在为国内外科研工作者提供方便快捷的数据检索及下载服务的同时，在随后的三期、四期研究计划中，我们会继续部署更多的自动化分析工具，分析保守域、毒株间的变异信息，寻找毒株间的共性的突变信息，为病毒致病机理的研究、疫苗的开发等提供技术支持。
备注：针对Muscle、MCMCTREE、MultipleCompare工具，为了提高更大的分析资源，请登录百迈客云平台进行分析（https://international.biocloud.net/zh/user/login），我们已经为您申请了工具的账号：2019ncov@biomarker.com.cn 密码: 123.bmk，请登录云平台进行使用。

04、综合数据平台的后期规划

1、数据库中将不断实时更新、增添新测序冠状病毒毒株的基因组序列；
2、继续部署更多款方便快捷的自动化分析工具，为科研提供重要的数据支撑。如，后期我们会部署“病毒基因组的组装”、“毒株全序列之间的SNP/INDEL”、“测序数据与ref寻找SNP/INDEL”等等多个工具模块，用于了解冠状病毒的来源，了解病毒毒株变异的路径，从而为后期防控冠状病毒引起的疫情，和治疗新型冠状病毒肺炎提供重要的数据支撑。
3、病毒数据库第二期中会时时更新“新型冠状病毒”的研究相关的文献，便于用户了解目前新型冠状病毒的研究进展。
4、同步整合“腾讯医典”，和 “腾讯健康”中的新型冠状病毒的科普知识，帮助用户了解疫情的发展状况及预防防治等相关内容。为用户掌握科研进展、了解新闻动态与科学知识提供资源与窗口。
总之：我们将不断整合新的病毒毒株序列信息，致力于打造成一个数据最全面、分析功能最强大的病毒综合性数据库平台。

24小时对接联系人

1、数据库使用&数据分析对接人：

负责人：王老师
手机：18514282648（同微信）
邮箱：wangf@biomarker.com.cn

2、样品准备&测序对接人：
负责人：康老师
手机：16622926288（同微信）
邮箱：kangjm@biomarker.com.cn

2018年熬过猪价低迷寒冬，2019年躲过非洲猪瘟的肆虐，18-19年都扛过来了，2020年的春天还远吗？不造谣、不信谣、不传谣，共建和谐清朗的网络空间，相信在政府的有序组织下，人民群众万众一心定能有效抗击疫情，还2020年一个春暖花开的一年开端。

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