NC|单细胞microRNA-mRNA共测序

 

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从相同的单个细胞中测定多组学谱可以解析发育和疾病中细胞间异质性的分子调控机制。本研究使用半细胞基因组学方法(“half-cell genomics approach”),在同一单细胞中实现microRNA和mRNA的共同单细胞测序

a 基于半细胞的单细胞miRNA-mRNA共测序的实验流程; b 单独的scmiRNA-seq流程;c 单独的scRNA-seq流程

尽管已经开发出单细胞组学技术,通过比较单个细胞和大量混合细胞之间的可测量的分子表达谱来量化细胞间异质性,但要确定这些变异性是真正的生物异质性还是单细胞测序中技术噪声造成的仍然具有挑战性。解决这个问题的最佳实验是测量从同一个单细胞均匀分开的两个半细胞材料之间的变异性。

1、作者首先分别比较了来自同一细胞的半细胞单细胞microRNA测序和单细胞转录组测序之间的差异:该方法表现出良好的稳健性(~95%成功率)和重现性(microRNA和mRNA的R2=0.93),产生可独立验证的成对半细胞microRNA和mRNA表达谱。

2、通过将miRNA水平与19个表型相同的单细胞中预测的靶mRNA的表达关联起来,观察到预测的靶标与大量表达的miRNA变化显著负相关。表明单独的microRNA表达变异性可能导致非遗传性细胞间异质性。

 

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