浅谈lncrna研究思路机制-技术路线图

研究思路，可以说是一篇文章的灵魂，它牵引着文章故事的脉络，让读者与作者产生交谈。近期推出的一系列研究思路内容，以期能够为您带来一些独具匠心的灵感。如：基因功能研究思路与技术—植物篇；一文带你get Hi-C研究套路；ATAC和其他组学的联合分析策略；3+2经典汇总|全长转录组方案设计策略等等……,今天我们就来谈一下lncRNA的研究思路机制及有哪些技术路线图，如有疑问或想了解更多的同学，欢迎点击下方按钮与我们信息工程师交流。

长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度超过200 nt的RNA分子，位于细胞核或胞质内，lncRNA一直以来都是科研领域的热点，吸引着众多研究者的目光。长链非编码RNA按照其来源可分为Antisense lncRNA (反义长非编码RNA)，Intronic transcript (内含子非编码RNA)，Long intergenc noncoding RNA(lincRNA)，Promoter-associated lncRNA(启动子相关lncRNA)，UTR associated lncRNA(非翻译区lncRNA)五种类型。lncRNA在转录前、转录水平与转录后水平上均具有重要作用。在整个基因组转录产物中，lncRNA所占的比例远远超过编码RNA所占的比例，与人类和动物相比，植物lncRNA研究仍处于起步阶段，植物lncRNA的研究可能揭示控制植物生长和分化的未知新机制，lncRNA在植物开花、雄性不育、营养代谢、生物和非生物胁迫等多种生物过程中起着调节因子的作用。随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA被鉴定出来，但具体的作用与功能仍然不是很清楚，因此lncRNA的研究领域依然是一片非常广阔的神秘区，具有极大的研究价值。

lncrna研究思路机制主要分为三大步骤：

lncrna研究思路机制1、lncRNA的筛选

基于链特异性建库的RNA-seq能够对不同组织或样本的lncRNA进行测序，通过对转录本编码潜能进行筛选，判断其是否具有编码潜能，从而可以判定该转录本是否为lncRNA，并识别不同样品（或样品组）之间显著差异表达的基因或lncRNA。

lncrna研究思路机制2、LncRNA的验证

通过测序结果确定相关lncRNA后，可以通过NONCODE或者lncRNAdb等网站进一步了解lncRNA的相关信息，比如lncRNA的长度，染色体所在位置与特异性表达信息。

lncRNA的全长序列一般通过RACE实验来获得，5’RACE获取5’全长，3’RACE获取 3’全长，最终拿到完整的lncRNA序列。

lncRNA的表达分析可以通过定量PCR或者Northern blot验证，在不同组织或样本中检测表达差异，为筛选研究目标lncRNA打下基础。这里还要提一下lncRNA的分子定位分析，这些非编码RNA的定位分析对深入了解他们的功能是至关重要的，因为这可能决定了lncRNA的调控机制。众所周知，lncRNA可以在转录水平或转录后水平来调控基因的表达，当lncRNA位于细胞核内时，是在转录前或转录水平上来影响基因的表达，因此在这种情况下再提出当前研究较火热的ceRNA机制就不是那么合理了。对于lncRNA定位信息，可以通过查询RNALocate数据库或者相关分子实验确定。

lncrna研究思路机制3、LncRNA的功能研究

通过高通量筛选出lncRNA只是研究的第一步，想要发高分文章，就必须对lncRNA的功能进行深入的探索。最基本的研究就是构建lncRNA超表达载体或通过siRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA，直观地展现lncRNA具有的生物学功能。在明确了lncRNA具有的生物学功能后，就要从分子机制上解析其如何发挥的作用，无外乎三点：1）lncRNA与RNA相互作用，这里主要指的是lncRNA对其靶基因的调控；2）lncRNA与蛋白相互作用，RIP是研究RNA蛋白相互作用的重要手段，利用RIP可以研究在体内蛋白是否与lncRNA发生相互作用；3）lncRNA结合DNA序列，这是位于核内的lncRNA发挥调控作用的一种机制。

lncRNA在最初研究阶段，普遍不认为其具备编码能力，但最近几年相继有文章报道相关lncRNA能通过编码小肽来发挥作用，一时间lncRNA编码话题再次成为热点。对于判断lncRNA是否具备编码潜能，首先要看该lncRNA是否具有核糖体结合位点与开放阅读框，满足这两个先天条件后，还要通过多肽鉴定的分子实验来进行验证。

lncRNA依然是科研领域热点之一，现在来说，简单筛选某一物种的lncRNA很难发表高分文章，下游功能验证研究越来越被重视，对文章影响因子有期待的老师，做好下游实验一定会给文章增光添彩。

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