方法教学 | 微生物次级代谢产物基因簇预测

微生物产生的次级代谢产物具有多种多样的化学结构和生物活性,有很高的药用以及商业价值,阐明微生物次级代谢产物的生物合成途径是研究其功能作用的必要前提,随着基因组测序研究的深入,可以对次级代谢产物研究更加详细,关于微生物次级代谢分析有很多分析工具,anti-SMASH是分析结果比较全面的。

那么怎么对微生物基因组次级代谢产物预测呢,以真菌为例讲解:

1.次级代谢产物预测网址:https://fungismash.secondarymetabolites.org ,点击进入界面,可进行细菌、真菌以及植物次级代谢产物预测;

 

2.点击真菌基因组,填写邮箱(用于接收预测结果)以及真菌基因组组装结果文件(fasta格式)和基因组预测结果文件(gff3格式);

 

3.其他参数默认,点击“submit”申请次级代谢产物预测结果,大约12h内,系统运行结束后,预留邮件会收到预测结果;

 

4.进入预留邮箱查看预测结果,打开预测结果网址即可查看结果,包含基因簇序列编号,次级代谢产物类型,基因簇所在位置,与已知次级代谢基因簇的结果比对等;

 

5.点击所关注的基因簇,可获该基因簇的详细信息,包括基因簇基因组成,核心基因的功能域组成以及与已知基因簇间共线性展示结果等;

 

6.点击下载页面,进行对应结果数据下载;

 

以上是次级代谢产物预测过程,除此外还有两点注意事项;

1、数据可只导入基因组组装结果,那么该网站会进行基因预测,但预测的结果与自己预测结果可能会有差异;

2、数据需在一个月内进行下载,过期之后数据会自动被删除。

 

好了,次级代谢产物基因簇预测就是这样简单

你学会了吗?

小伙伴们,下周不见不散!