Small RNA 是生物体内一类序列长度在18~30bp,对生命活动具有重要调控作用的小分子RNA,主要包括miRNA、piRNA、siRNA。他们通过与靶mRNA 特异性结合来调控靶mRNA 的表达,从而在疾病发生和生长发育过程中起着重要的调控作用。小RNA 测序是利用高通量测序技术对小RNA 进行检测,能快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的小RNA 的表达水平及其表达差异,为研究小RNA 的功能及调控机制提供有力的工具。

产品名称

RNA测序                   

样品要求

RNA4.5 µgRNA样品浓度65 ng/µl

适用情况

动植物有参考基因组或有所用样本的转录组信息。

测序策略

HiSeq SE50

推荐数据量

10M                  

分析内容

样品间公共及特有序列分析

与参考序列进行比对

与相关生物数据库比对

分类注释Small RNA

已知miRNA鉴定

miRNA预测

miRNA特征分析

miRNA表达量分析

差异表达miRNA表达分析

miRNA靶基因预测

差异表达miRNA靶基因功能注释(GOKEGG)及富集分析

项目周期

60天                  

1、利用小RNA测序筛选宫颈癌血清标记物
Identification and characterization of novel serum microRNA candidates from deep sequencing in cervical cancer patients. Scientific Reports.
    本研究通过对21名宫颈癌患者和21名正常个体血清进行miRNA 测序,在宫颈癌患者血清中发现了199 个miRNA 候选标记物,在正常个体中发现了202 个。患者和正常个体中发现17 个共有miRNA 候选标记物,通过筛选最终确定2 个miRNA—PmiR-1、PmiR-2 为候选标记物。这2 个miRNA 在宫颈癌患者血清中比正常个体表达量显著偏低。研究者通过ROC 曲线分析,PmiR-2 的AUC 值为0.921,因此PmiR-2 可能为宫颈癌最佳血清标记物。后续研究发现PmiR-2 相关靶基因有379个,这些基因主要参与细胞凋亡、细胞增殖、血管再生以及先天免疫作用。

 

2、miR-28-5p-IL-34-Macrophage 反馈通路调控肝癌转移性
Transcriptome and Small RNA Deep Sequencing Reveals Deregulation of miRNA Biogenesis in Human Glioma. J Pathol.
    本研究通过对40 例胶质瘤患者的肿瘤组织及正常组织对照进行转录组测序与miRNA 测序。这些患者包括低级别的少突胶质瘤(Oligo,8 例),高级别的原始少突胶质瘤(AO,7 例)、间变型星形细胞瘤(AA,5 例)及胶质母细胞瘤(GBM,20 例)。结果显示无论是前体miRNA 还是成熟miRNA,各亚型间的表达情况均有显著差异。如低级别胶质瘤中的miR-21 表达量最高,而在高级别胶质瘤中则表达很低。通过miRNA 的成熟率(成熟miRNA 与前体miRNA 的比率)的差异分析及差异表达基因分析,绘制miRNA 与mRNA 的互做网络,确定了与miRNA 成熟率相关的信号通路,包括TGFβ/BMP/ SMAD5 信号通路。

Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186;400-900-2698 Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn