SLAF-seq(Specific-locus Amplified Fragment Sequencing)是百迈客公司自主研发的一套基于酶切的简化基因组测序策略。通过SLAF-seq方法可以在全基因组范围内开发海量的SNPs,InDels等标记,并利用我公司自主研发的HighMap软件构建高密度遗传图谱(ultra-dense linkage map),结合性状的表型数据即可进行高精度QTL定位。通过SLAF-seq技术进行遗传图谱构建和QTL定位具有上图标记数量多,图谱质量高,周期短,数据利用率高的优点,目前我公司与中国科学院遗传发育研究所,中国农业科学院,中国农业大学等等科研单位合作,在作物,林木,果树,花卉,水产等不同物种中构建了超过300张高密度遗传图谱,见刊文章20余篇。
应用领域
1.QTL定位;
2.分子标记辅助选择(MAS);
3.辅助基因组组装;
4.比较基因组学。
选材要求
1.有参考或无参考基因组序列的物种(二倍体、四倍体、六倍体物种均可);
2.具有重要农艺性状差异的亲本构建的遗传群体(临时群体:F1、F2;永久群体:RIL、DH、NIL、永久F2等);
3.推荐后代群体样本数在150以上。
测序方案
1.Hiseq 测序平台;
2.推荐每个个体SLAF标签平均测序深度≥5×,亲本SLAF标签平均测序深度≥20×
分析内容
1.原始数据产出统计与质控;
2.多态性SLAF标记开发;
3.基因分型和标记筛选;
4.计算重组率,构建高密度遗传图谱(利用自主研发的HighMap构图软件);
5.图谱评估(共线性评估、单体来源评估、热图评估);
6.QTL定位(需要结合表型数据)以及QTL区域基因的功能注释(针对有参考基因组物种);
7.重组热点区域(Hot region)分析。
承诺指标
1.获得不低于合同规定的SLAF标签数,标签深度和上图标记数;
2.保证Q30达到80%;
3.提供关联标记定位信息和性状相关候选功能区域列表(针对有参考基因组的物种);
4.对候选区域基因功能注释(NR、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam、KEGG)(针对有参考基因组的物种)
项目周期
70天

1.上图标记数量更多:基于高通量SLAF-seq技术可以轻松实现上图标记5000-10000的目标;
2.标记质量更高:SLAF-seq技术数据利用率、标记深度和完整性更高,因而标记质量更高;
3.图谱质量更可靠:利用自主研发的HighMap软件排图,同时结合共线性评估,单体来源评估和标记热图评估,保证图谱质量;
4.经验更丰富:公司拥有从业多年的高学历高素质试验和信息分析人才,同时在多个物种中构建了超过300张高密度遗传图谱,能从容应对项目中可能出现的问题;
5.市场认度可更高:基于SLAF-seq构建的遗传图谱文章在《Nature genetics》、《Nature communication》、《Scientific reports》等权威期刊陆续发表,截止到2016年4月累计发表SCI文章28篇,影响因子累计113.88;
6.量身定制、服务更优:根据不同物种、不同科研需要,个性化设计标记开发方案,确保实现最优的性价比。

1.样品类型:基因组DNA或组织样;
2.样品浓度:≥20 ng/ul;
3.样品总量:≥2µg,组织样单次送样>1g;
4.样品纯度:OD260/280=1.7-2.2;
5.电泳要求:主带清晰,无或轻度降解,无严重RNA污染。

样品保存与运输
1.基因组DNA样品请仔细纯化,尽量避免污染,并请将所送样品保留备份;DNA样品置于1.5 ml无菌离心管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口;
2.植物组织样品请尽量选用幼嫩新鲜的,取样后用锡箔纸包裹并标注,立即放入液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中。动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注,立即放入液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中。请尽量使用新制备的样品;
3.请将所有样品集中置于管、盒或袋中,以免散装导致样品的丢失。在运输过程中,最好放在干冰中,时间不要超过72小时,如果利用冰袋运输,则时间最好不要超过24小时,尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。如果条件许可,可在邮寄的箱子上下添加部分棉花,以保证尽量隔绝热量的传递。

SLAF构建南美白对虾高密度遗传图谱


研究物种:南美白对虾
期刊:Scientific Repots
影响因子:5.578
合作单位:中国科学院海洋研究所

研究背景
南美白对虾是首个引入我国推广的经济类虾品种,占据我国虾总产量的85%。目前虾参考基因组尚未组装到染色体水平,且对白虾的重要经济性状体重和体长的分子机理知之甚少。本研究拟构建南美白对虾高密度遗传图谱,将基因组组装到染色体水平,同时结合体重和体长表型数据进行QTL定位,对南美白对虾的功能基因组学研究和体重体长基因克隆奠定坚实基础。
研究结果
     本研究采用Illumina Hiseq 2500,PE100的测序策略,所用的群体类型是F1,149个个体,利用SLAF-seq技术对样品进行高通量测序开发分子标记。共获得456,620,260个reads,开发了114,829个SLAF标签,其中多态性标记25,140个,成功编码的高质量标记6359个。如图1所示,采用拟测交的原理构建了包含44个连锁群的遗传图谱,总图距为4,271.43 cM,平均图距为0.7cM,其中雄性图包含4201个标记,雌性图包含4396个标记,中性图包含6146个标记,同时对构建的图谱进行了独创性的质量评估。
    结合白对虾生长性状的数据分析,定位到11个与体长紧密相关的QTL位点,7个与体重相关的QTL位点,分布于不同连锁群上,其中只有Marker 7605与两种性状同时显著相关,对于后续的分子标记辅助育种具有很好的利用价值。具体结果如表1所示。
    白对虾是一个高杂合物种,其基因组含有80%的重复序列,其基因组组装是一个很大的难题。本研究通过对遗传图谱、白对虾初步组装的Scaffold、BAC测序的序列进行共线性比较,最终使得5922个标记锚定到5885个Scaffold上 ,如图2所示,有利于后续白对虾的基因组组装。

 

 

 

参考文献:
Yu Y, Zhang X, Yuan J, et al. Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei[J]. Scientific reports, 2015, 5.

 

公司成功案例文献列表:

 

日期

文章名称

发表杂志

2015年12月

High-density genetic map construction and gene mapping of pericarp color in wax gourd using specific-locus amplified fragment (SLAF) sequencing

BMC GENOMICS

2015年10月

Construction of Commercial Sweet Cherry Linkage Maps and QTL Analysis for Trunk Diameter

PLOS ONE

2015年10月

Construction of a high-density genetic map and mapping of a sex-linked locus for the brown alga Undaria pinnatifida (Phaeophyceae) based on large scale marker development by specific length amplified fragment (SLAF) sequencing

Scientific Report

2015年9月

Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei

Scientific Report

2015年8月

Construction of a dense genetic linkage map and mapping quantitative trait loci for economic traits of a doubled haploid population of Pyropiahaitanensis (Bangiales, Rhodophyta)

BMC Plant Biology

2015年8月

Construction of a high-density genetic map using specific length amplified fragment markers and identification of a quantitative trait locus for anthracnose resistance in walnut

BMC GENOMICS

2015年6月

Large-Scale SNP Discovery and Genotyping for Constructing a High-Density Genetic Map of Tea Plant Using Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-seq)

PLOS ONE

2015年5月

A high-density genetic map for P genome of Agropyron Gaertn. based on specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq)

Theor Appl Genet

2015年5月

The First High-Density Genetic Map Construction in Tree Peony (Paeonia Sect. Moutan) using Genotyping by Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing

PLOS ONE

2015年5月

Using specific length amplified fragment sequencing to construct the high-density genetic map for Vitis (Vitisvinifera L.× VitisamurensisRupr.)

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE

2015年3月

Multiple cold resistance loci confer the high cold tolerance
adaptation of Dongxiang wild rice (Oryza rufipogon) to its
highlatitude habitat

Theor Appl Genet

2015年2月

High-density genetic map construction and identification of a locus controlling weeping trait in an ornamental woody plant (PrunusmumeSieb. et Zucc)

DNA Research

2014年12月

 Construction of a high-density genetic map based on large-scale markers developed by specific length amplified fragment sequencing (SLAF-seq) and its application to QTL analysis for isoflavone content in Glycine max

BMC GENOMICS

2014年12月

A high-density genetic map of cucumber derived from Specific Length Amplified Fragment sequencing (SLAF-seq)

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE

2014年12月

An SNP-based saturated genetic map and QTL analysis of fruit-related traits in cucumber using specific-length amplified fragment (SLAF) sequencing

BMC GENOMICS

2014年8月

A high-density genetic map for soybean based on specific length amplified fragment sequencing

PLOS ONE

2013年12月

Construction of a high-density genetic map for sesame based on large scale marker development by specific length amplified fragment (SLAF) sequencing

BMC Plant Biology

Copyright © 2009-2016 北京百迈客生物科技有限公司版权所有 京ICP备10042835号
公司地址:北京市顺义区南法信府前街12号顺捷大厦5层
Tel:400-600-3186; Fax:010-57045001 E-mail:tech@biomarker.com.cn