Q5. 如何进行动植物的miRNA鉴定

答：
在已知miRNA鉴定方面，我们将比对到参考基因组的reads与miRBase（v22）数据库中的已知miRNA的成熟序列及其上游2nt与下游5nt的范围进行比对，最多允许一个错配，这样鉴定到的reads被认为是鉴定到的已知miRNA。
miRNA转录起始位点多位于基因间隔区、内含子以及编码序列的反向互补序列上，其前体具有标志性的发夹结构，成熟体的形成是由Dicer/DCL酶的剪切实现的。针对miRNA的生物特征，对于未鉴定到已知miRNA的序列，百迈客利用miRDeep2软件进行新miRNA的预测。
我们利用miRDeep2软件包,通过reads比对到基因组上的位置信息得到可能的前体序列，基于reads在前体序列上的分布信息(基于miRNA产生特点，mature,star,loop)及前体结构能量信息(RNAfold randfold)采用贝叶斯模型经打分最终实现新miRNA的预测。miRDeep2主要用于动物miRNA的预测，通过参数的调整及打分系统的改变也可以对植物的miRNA进行预测。