转录组结果与基因组比对后，没有相应的注释结果，我们认为是New genes。但是,在NCBI注释后，有些基因的注释结果显示是参考基因组物种，这种基因还能算是new genes吗？

答：我们分析流程中是将测序的Reads比对到参考基因组，然后进行拼接，其中一些reads比对到基因间区并且能拼接出完整的开放阅读框，拼接出来的位于基因间区的这些基因即为新基因。预测得到的新基因才会进行功能注释，所以注释结果与新基因的判断没有关系。