医学LncRNA测序

研究高热度-LncRNA

LncRNA参与表观遗传调控、转录调控以及转录后调控,在生命活动中具有重要作用。

通过测序分析快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等) 相关lncRNA和mRNA 信息。

专业项目方案设计 深度解析数据

  • 实验设计

  • RNA提取

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 售后答疑

样本要求

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分析路线

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个性化分析8小时云交付,项目进展透明化,尽享极致体验!

实时追踪项目进展,一切动向尽在掌握。

意见直接反馈项目经理,高效解决。

可对在线项目各维度的服务进行评价。

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项目经验丰富,硕果累累

公司成立八年以来,拥有丰富的医学项目分析经验,累计完成5千多个样品的医学转录调控研究

医学物种涉及人、鼠,样本类型包括常见组织或细胞,以及体液、毛囊等特殊样本

公司拥有 40 余项专利技术和 150 余项软件著作权,根据项目需要选择最佳方案,保障结果精准

50+项目分析人员

深度数据挖掘

丰富的项目分析案例

优化的交互式报告

8年+项目分析经验

专业而热情的售后服务

三个分布式集群服务器

闪电般的分析速度

lncRNA鉴定

百迈客通过4种分析软件鉴定得到的noncding transcripts进行统计,绘制维恩图。同时对以上4种分析结果取交集,用于后续lncRNA分析。

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lncRNA靶基因功能富集

利用topGO软件对注释到GO数据库的差异表达lncRNA靶基因进行富集分析,并对显著富集的节点在GO体系中的层级关系以有向无环图的形式进行直观展示。在有向无环图中,箭头代表包含关系,即该节点的所有基因同样注释到其上级节点中。

lncRNA与mRNA差异表达

lncRNA与mRNA在不同比对分析组合中的表达情况间接的表现了lncRNA和mRNA在某一生物时间段的表达关系,对差异表达lncRNA和mRNA表达量进行比较分析。

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LncRNA-mRNA共表达网络分析

加权基因共表达网络分析(WGCNA)是一种挖掘和呈现基因在不同样本中表达形式的有效方法。在基因共表达网络中,每一节点代表一个基因,在不同样本中存在共性的基因会处于同一个基因网络中,而基因间的共表达关系一般由它们之间的表达相关系数来衡量。

lncRNA测序与转录组测序的区别?

转录组测序是只针对mRNA进行测序。由于lncRNA测序在建库之前会去除rRNA,因此剩下的RNA中除了lncRNA信息,也包含有mRNA信息,因此,通过lncRNA测序,可以通过一次建库获得转录组和lncRNA的信息。

lncRNA测序建议的数据量多少?

针对百迈客的项目经验及文献报道,对于lncRNA的基本研究,可以选择数据量12Gb clean data,对于更高的分析内容要求,比如,挖掘更多低表达lncRNA,可以相应提高数据量。

lncRNA的表达水平是怎么计算的?

抽取自一个转录本的片段数目与测序数据(或Mapped Data)量、转录本长度、转录本表达水平都有关,为了让片段数目能真实地反映转录本表达水平,需要对样品中的Mapped Reads的数目和转录本长度进行归一化。Cuffdiff采用FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped)作为衡量转录本或基因表达水平的指标。

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